Die katholische Kirche hatte im 11. Jahrhundert den Höhepunkt ihrer Macht erreicht. Möglich war dies, da nur sie die Informationstechnik dieser Zeit, das geschriebene Wort, völlig beherrschte und auch die entsprechende Struktur besaß, damit Botschaften und Autorität bis in die entferntesten
Winkel Europas zu verbreiten.
Es kam auch zu einer Wiederbelebung des Handels, auch mit dem Orient. Dies hatte den Nachteil, dass damit nicht nur neue Waren sondern auch neue fremde Ideen, Glaubensideen, die den alleinigen Machtanspruch der Kirche bestritten, nach Europa gelangten.
Zuerst versuchte es die Kirche noch mit Geduld und mit Überredungskunst den neuen Sekten zu begegnen. Da aber viele Sekten aufgrund der Machtstruktur der katholischen Kirche, und des schlechten Beispieles, das viele Kirchenobere abgaben, großen Zulauf erhielten, hatte sie damit keinen Erfolg. An einigen Orten griff die weltliche Macht aus eigener Initiative zu drastischen Mitteln, um dieser Bedrohung zu begegnen. Sowohl in Deutschland, England als auch in Frankreich war es üblich, Ketzer öffentlich anzuprangern, zu verstümmeln und häufig dem Scharfrichter auszuliefern. Nach dem Auftreten der Albigenser und vor allem der Waldenser wurde die Inquisition als Selbstschutz der katholischen Kirche gegen die vermeintliche Gefährdung durch diese Ketzer gebildet.
Im Jahre 1184, das offiziell als das Geburtsjahr der Inquisition gilt, veröffentlichte Papst Lucius III. einen Erlass, worin die Bischöfe und Erzbischöfe aufgefordert wurden, jede Gemeinde ihres Bistums zweimal im Jahr zu besuchen, um dort zuverlässige Menschen ausfindig zu machen, die dabei helfen sollten, Ketzer zu entlarven und einem kirchlichen Prozess zuzuführen. Zwar hat es auch vor diesem Jahr schon Kirchengerichte gegeben, doch zum ersten Mal wurde eine solche Maßnahme von zentraler
Stelle verordnet.
Die Inquisition wurde als Kommission gegründet, die Untersuchungen durchführen sollte und die Verfolgung von Häretikern und Ketzern zur Reinhaltung des Glaubens betrieb. Damit sollte die allgemeine Anerkennung der katholischen Lehre erzwungen werden. Allerdings waren die Päpste überzeugt, dass sie durch die Einrichtung der Inquisition Milde und Gnade walten ließen. Zum Teil stimmte dies auch, denn vor allem in England, Schottland und Skandinavien, Länder in denen die Inquisition bis ins 15. Jahrhundert nicht eingesetzt wurde, urteilten örtliche geistliche Gerichte über die Ketzer. Die Richter waren strenger als die päpstlichen Kommissionen, die sich an die Regel des Inquisitionsverfahren halten musste.
1215 forderte das 4. Lateralkonzil die Auslieferung der verurteilten Ketzer an die weltliche Gewalt, und 1229 regelte das Konzil von Toulouse das Verfahren und die Bestrafung. Die ursprünglich nur für Südfrankreich getroffene Maßnahme breitete sich allerdings auch in andere Landstriche aus. 1231/32 zentralisierte Papst Gregor IX. die Inquisition zu einer päpstlichen Behörde, die von den Inquisitoren (in der Regel Dominikaner) verwaltet wurde, auch um die örtlichen Bischöfe zu entlasten.
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