Die neue Verordnung mit allgemeinen Bestimmungen über die Strukturfonds für den Zeitraum 2000-2006 enthält mehrere Bestimmungen über den Umgang mit staatlichen Beihilfen im Rahmen der neuen Programme.
Hauptgrundsatz ist, dass alle Operationen, die Gegenstand einer Finanzierung durch die Strukturfonds sind, mit den EU-Vorschriften über staatliche Beihilfen vereinbar sein müssen.