Japan verfügt über eine gut ausgebaute Infrastruktur, obwohl die ausgeprägte Topographie die verkehrstechnische Erschließung des Landes stark erschweren. Die wichtigsten Eisenbahnstrecken wurden 1907 verstaatlicht, 1987 reorganisiert und in den privaten Besitz zurückgeführt. Mit dem Bau des berühmten Hochgeschwindigkeitszuges Shinkansen wurde Anfang der sechziger Jahre begonnen; er verbindet die Stadtregionen Osaka und Tokyo miteinander, wurde 1964 in Betrieb genommen und ist tägliches Beförderungsmittel vieler Menschen zwischen Arbeit und Wohnstätte. Später wurden die Hochgeschwindigkeitstrassen auf eine Gesamtlänge von nunmehr 7 000 Kilometer ausgebaut. Das japanische Straßennetz ist zu zwei Dritteln asphaltiert.
Die japanische Handelsflotte zählt zu den größten der Welt und umfasst 7 893 Schiffe (2002), die ein Fassungsvermögen von 214 412 153 Bruttoregistertonnen Fracht aufbringen. Die ersten japanischen Fluggesellschaften wurden 1951 gegründet; die Fluglinien verbinden Tokyo und Osaka vor allem mit Europa, den Vereinigten Staaten, Kanada, Mexiko, dem Mittleren Osten und Südostasien. Japan Air Lines (JAL, seit 1987 in privater Hand) und Japan Asia Airways sind die größten Fluggesellschaften und bieten vor allem internationale Flüge an; die All Nippon Airways, bisher vor allem für die Inlandsflüge zuständig, hat ihre internationalen Aktivitäten in den letzten Jahren ausgeweitet.
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