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Die Kommission hat 20 Mitglieder (Kommissare), die von den Mitgliedsländern entsandt werden, wobei mindestens ein und höchstens zwei Kommissare von einem einzigen Land entsandt werden. Vor der Erweiterung der EU auf mehr als 20 Mitglieder müssen neue Regeln für die Organisation der Organe gefunden werden.
Ernennungsverfahren: Die Regierungen der EU-Länder benennen den Präsidenten der Kommission und in Abstimmung mit ihm die übrigen Kommissare provisorisch. Für die endgültige Ernennung ist die Zustimmung des EP nötig. Der Amsterdamer Vertrag, der am 1. Mai 1999 in Kraft trat, sieht vor, daß bereits die Ernennung des Kommissionspräsidenten, welcher auch Mitglied des Europäischen Rates ist, der Zustimmung des EP bedarf, sowie eine stärkere politische Führung der Kommission durch deren Präsidenten als bisher. Die Amtszeit der Kommission währt fünf Jahre (der fünfjährigen Wahlperiode des EP entsprechend). Das EP kann der Kommission das Mißtrauen aussprechen und sie geschlossen zum Rücktritt zwingen.
Die Verwaltung ist in 24 Generaldirektionen (etwa vergleichbar mit den Ministerien) gegliedert. Zudem unterstehen der Kommission zehn wichtige Dienststellen (z.B. ein Juristisches Amt) sowie Außenstellen und Forschungseinrichtungen in den Mitgliedsstaaten. Der Beamtenapparat umfaßt etwa 16300 Beamte, darunter 2500 Übersetzer u. Dolmetscher, die in die amtlichen Sprachen aller Mitgliedsländer übersetzen.
Die Kommission, deren Sitz in Brüssel ist, unterhält Vertretungen in den Mitgliedsstaaten der EU und Delegationen in 122 anderen Staaten. 165 Staaten, die diplomatische Beziehungen zur EU unterhalten, sind durch Missionen in Brüssel vertreten. Somit vertritt die Kommission die EU in den internationalen Organisationen.
Die Kommission verabschiedet im Jahr einige tausend Rechtsakte, vor allem Durchführungsbestimmungen der EU-weit gültigen Gesetze.
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