Pythagoras wurde etwa um 570 in Samos, Westgriechenland geboren und zählt genaugenommen nicht zu den Melesiern. Aber auch er machte sich viele Gedanken über das Arche und wird deshalb noch gerne in die Spalte der ionischen Naturphilosophie geschrieben.
Pythagoras selbst hat keine Schriften hinterlassen, sondern nur eine Anhängerschaft, eine Art Geheimorden, der Pythagoras' Wissen verehrte, in den Folgejahren aber schwerlich verbreitete oder schriftlich fixierte. Die Erkenntnisse Pythagoras sind deshalb nur schlecht überliefert. Aber schon damals stand er im Zentrum der Kritik. Von Heraklit wurde er gleichzeitig als Mensch "der von allen am meisten gewußt habe" und als "der Schwindeleien Ahnherr" beschrieben. Die historische Person des Pythagoras bleibt also noch im Dunkeln.
In der Metaphysik zeichneten sich die Pythagoreer dadurch aus, daß sie das Arche in der Zahl sahen. Damit wichen Sie eigentlich von dem Arche-Verständnis der Melesier ab, die sich ja auf die Suche nach dem Arche auf den Urstoff, auf die Qualität beschränkten. Bei den Pythagoreern tritt nun wieder die Form in den Vordergrund, die den unbestimmten Stoff zu etwas Bestimmten macht. Denn: Ohne Quantität - keine Qualität. Kein Stoff ist ohne Zahl. Maßgebend für Pythagoras' Prinzip der Zahl waren dabei wohl Beobachtungen in verschiedenen Lebensbereichen. Pythagoras und die Pythagoreer verstanden es nämlich, sich in der Musik, in der Astronomie und in der Mathematik zu betätigen. Dabei fiel Ihnen immer wieder die Bedeutung der Zahl auf: Sei es in der Beziehung von harmonischen Tönen (Intervallen) zueinander oder in der klar bestimmten Flächengeometrie, immer war die Zahl Mittelpunkt der Betrachtungen. Der Schritt zur Verallgemeinerung war da nur logisch.
Eine andere bedeutende Erkenntnis der Pythagoreer beschränkt sich auf den Kreislauf der Dinge im Zusammenhang mit der pythagoreischen Lehre vom großen Weltenjahr. Die Pythagoreer erkannten nämlich schon frühzeitig beim Beobachten des Firmaments, daß die Gestirne sich einem ewigen Kreislauf unterziehen und periodisch immer wieder an einen Ort zurückfinden. Auf dieser Grundlage konstruierten die Pythagoreer schließlich ein Weltbild, in dessen Zentrum erstemal nichts die Erde sondern etwas "Gottgleiches" stand. Ausgehend vom Makrokosmos übertrugen sie auch bald ihre Erkenntnisse auf andere Bereiche des Lebens. Die Welt ist, so wie wir sie sehen, ein Kosmos im "Kleinen" mit ähnlicher Ordnung und gleichem Kreislauf. Alles ist in Bewegung und befindet sich dadurch in endloser Harmonie. Und damit knüpfen die Pythagoreer an die Philosophie des Heraklits an.
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