Die Aufteilung Berlins in vier Sektoren gab der S-Bahn einen besonderen Status, zum Beispiel sind 1945 die Betriebsrechte von den Westmächten der Deutschen Reichsbahn überlassen worden, die dem Verkehrsministerium der Deutschen Demokratischen Republik unterstand.
Der Betrieb der Berliner S-Bahn wurde der Ostberliner Reichsbahndirektion überantwortet inklusive den Westsektoren, aber die Untergrundbahn (U-Bahn) kam unter Regie der Westberliner Verkehrsgesellschaft BVG. 1952 wurden plötzlich die Straßenbahnen und Omnibusse nicht mehr über die Grenze nach Ostberlin gelassen, aber U- und S-Bahn fuhren weiter hin zwischen den beiden Ost- und Westsektoren.
Eine Besonderheit des Berliner S-Bahn-Verkehrs der 50er Jahre waren die sogenannten "Durchläufer\", Züge, die nur im Berufsverkehr zwischen Ostberliner und in der DDR gelegenen Bahnhöfen verkehrten, und die die Westberliner S-Bahnhöfe ohne Halt passierten. Die "Durchläufer\" waren an den Richtungsschildern an der Zugspitze, die mit einem Diagonalstrich von links unten nach rechts oben versehen waren, zu erkennen.
Aber in den 50er Jahren wurde die Situation immer gespannter : die Berliner-S-Bahn wurde exterritorial in Westberlin. Dies überwachte eine sogenannte ostdeutsche Bahnpolizei. Noch dazu unternahm die oststädtische Stadtverwaltung Symbole ihres Staates auf Stadtbahnhöfen auszuhängen. Die Berliner S-Bahn fuhr sogar nur mit Ostberliner Strom und es war um die Hälfte billiger mit der S-Bahn in Westberlin zu fahren als mit der dortigen Verkehrsgesellchaft.
Ende 1957 hatte das elektrifizierte Streckennetz eine Ausdehnung von 344,7 Kilometern. Für den Betrieb standen 733 Viertelzüge zur Verfügung , dabei handelte es sich ausschließlich um unbeschädigt gebliebene Fahrzeuge und wiederhergestellte, im Krieg beschädigte Trieb-, Steur- und Beiwagen.
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