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Nach Peirce ist alles Denken "zeichenvermittelt". Diese Zeichenstruktur erkundet er in einer "universellen Semiotik". Er war sich jedoch klar, dass er dieses Projekt zwar vorantreiben, aber nicht zu einem verbindlichen Abschluss bringen konnte.
"Ein Zeichen ist etwas, das für jemanden in einer gewissen Hinsicht oder Fähigkeit für etwas steht." Jedes Zeichen hat somit eine dreirelationale Struktur: Es kann als an sich betrachtet werden, es ist präsent und hat einen Zeichenkörper (Beim Zeichen "Stadtplan" besteht er z.B. aus Farbspuren auf einer Plastikfolie). Zweitens besteht jedes Zeichen nicht für sich selbst, sondern für ein anderes: Es macht ein Objekt vorstellig. Dieser Objektbezug kann wie das Beispiel "Stadtplan" zeigt auf unterschiedliche weise stattfinden: ikonisch (bildlich) - die verkleinerte Repräsentation des Straßensystems, ohne einfach wiederspiegelnd abzubilden, da ein dreidimensionaler Raum zweidimensional abgebildet wird. indexikalisch - z.B. ein Pfeil zur Selbstverortung, also ein Hinweiszeichen. symbolisch - also durch die Darstellung des Objekts in Wörtern, Sätzen und Argumenten (alltagssprachliche Wörter), die man am Stadtplan in der Legende vorfindet. Drittens ist der Zusammenhang zwischen und erst durch die Vermittlung eines Zeicheninterpreten eingestellt, also durch einen Menschen der sprachliche oder nonverbale Zeichen verwendet. In ihm erzeugt das eine "Wirkung", die Peirce nennt. Diese Wirkung ist im Humankontext oft ein Folgezeichen, z.B. ein Gedanke. Für Peirce liegt die Bedeutung eines Zeichens nicht in ihm selbst, sondern gerade in der Sequenz seiner künftigen Wirkungen (vgl. die pragmatische Maxime). Da nun Zeichen auf bezogen sind, ist überdies ofenkundig (wie Wittgenstein in den Philosophischen Untersuchungen bemerken wird), dass Zeichen allein tot sind und nur im Gebrauch leben. Dieser Gebrauch ist der fallibilistisch offenbleibende Prozess pragmatisch-experimenteller (Re-)Interpretation.
Peirce hat in seinem Opus den Versuch unternommen, jene differenten, jedoch miteinander verknüpften Zeichenwelten - konventionelle Zeichen (z.B. Buchstaben-, Schrift-, Verkehrszeichen); Sprachzeichen der Alltagssprache; usw. - in ihrer Funktion zu analysieren. In seinen semiotischen Studien legt Peirce, wie Gilles Deleuze sagt, "eine allgemeine Klassifizierung von Bildern und Zeichen vor, vergleichbar dem Periodensystem in der Chemie."
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