Ernestos universitätsjahre:

Trotz seiner Begabung für Mathematik begann Ernesto kein Technikstudium, stattdessen entschloss er sich ein Medizinstudium anzufangen. Ein entscheidender Grund dafür dürfte sein Asthmaleiden gewesen sein, da er wahrscheinlich ein Mittel gegen seine Erkrankung finden wollte um sich selbst und andere heilen zu können. Ein weiterer Grund für sein Medizinstudium könnte aber auch der gewesen sein, dass seine Mutter und seine Großmutter an Krebs litten. Ernesto wand sich also dem Studium der Allergien zu. Trotz seiner Auffassungsgabe reichten seine Prüfungsergebnisse, da er auch vielen anderen Interessen nachging, gerade einmal aus um die Examina zu bewältigen.
In seinen Jahren an der Universität verliebte sich Ernesto in Chichina,der Tochter einer der wohlhabendsten Familien Còrdobas, was bei den Eltern des Mädchens auf großen Widerwillen stieß. Ein gravierender Grund dafür war, dass Ernesto nie seine Kritik an der Feudalherrschaft zurückhalten konnte. Nebenbei hinterließ er auch aufgrund seiner armseligen Kleidung einen sehr negativen Eindruck bei den Eltern des Mädchens. Er trat mit einer zerknitterten Hose, gehalten von einem Stück Wäscheleine, einer farblich undefinierbaren Jacke, dazu einem ungebügelten Hemd, abgetragenem Schuhwerk und einem wirren Haarschopf auf. Die Liason mit Chichina führte entweder 1948 oder 1949, der genaue Zeitpunkt ist heute nicht mehr bekannt, zu einer heimlichen Verlobung der beiden, welche neun Jahre andauerte. Guevaras Gesinnung gegenüber der reichen Gesellschaft konnte durch sein Verhältnis zu diesem Mädchen aber nicht verändert werden, ganz im Gegenteil, diese Romanze ließ seinen Hass auf die feudale Gesellschaft nur noch mehr wachsen.
Eine unbändige Wanderlust überkam Ernesto immer wieder, und so trat Guevara 1949 zu seiner ersten Reise mit dem Fahrrad quer durch Argentinien an. 1952 konnte ihn sein Freund Alberto Granados zu einer weiteren Reise überreden. Gemeinsam unternahmen sie eine Reise durch ganz Lateinamerika. Diese zweite Reise machten sie auf dem Motorrad. Sie lebten beide unter freiem Himmel und verdienten sich ihren Lebensunterhalt indem sie kleine Arbeiten verrichteten. Manchmal gaben sie sich auch als Ärzte aus. Man konnte so auch einmal in den Schlagzeilen lesen: "Argentinische Lebraexperten auf Motorradtour durch Südamerika." Guevara und Grandos beschäftigten sich auch sehr mit dem Elend der Quechina und dem der Aymaràindigenas, und als Alberto einmal meinte, man solle an die Macht gelangen, um dieses Elend zu beseitigen, erwiderte ihm Ernesto: "Revolution machen ohne Schüsse? Du bist wohl verrückt?" Mit mehreren Schwierigkeiten setzten sie ihre Reise fort, und noch im gleichen Jahr kehrte Che ohne seinen Freund zurück.
Im Laufe dieser Reise machte er eine Reihe von seelischen Veränderungen durch, und die Erlebnisse seiner Reise machten ihm klar, dass er auf keinen Fall ein bürgerliches Leben als Arzt in Buenos Aires führen wollte. Ernesto setzte schließlich sein Studium fort und erhielt so im Jahre 1953 sein Diplom als Arzt und Chirurg mit der Note "Genügend".