Die der Verwaltung der Kommission unterstehenden Strukturfonds der EU finanzieren Strukturhilfen im Gemeinschaftsbereich. Es sind dies der Europäische Ausrichtungs- und Garantiefonds für die Landwirtschaft, der Europäische Fonds für regionale Entwicklung zur Finanzierung regionalpolitischer Strukturbeihilfen, der Europäische Sozialfonds für die Verwirklichung der Sozialpolitik sowie das neue Finanzinstrument für die Ausrichtung der Fischerei (FIAF).
Der 1993 eingerichtete Kohäsionsfonds unterstützt die strukturpolitischen Ziele der Gemeinschaft. Die Mittel der Strukturfonds fließen überwiegend ärmeren Regionen zu: Damit soll der wirtschaftliche und soziale Zusammenhalt in der EU so verstärkt werden, daß die Anforderungen des gemeinsamen Binnenmarktes überall in der EU bewältigt werden können. Die Maßnahmen konzentrieren sich auf sechs vorrangige Ziele. Der Löwenanteil entfällt auf Ziel 1, die Entwicklung und strukturelle Anpassung der Regionen mit Entwicklungsrückstand. Insgesamt ist der Etat der Strukturfonds in den vergangenen Jahren vervierfacht worden und betrug im Zeitraum zwischen 1993 und 1999 mehr als 161 Mrd. ECU.
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