Als 1516 Karl I., der spätere Kaiser Karl V., nach dem Tod seines Großvaters Ferdinand II. von Aragonien dessen Nachfolge in Spanien und im Königreich Neapel antrat, sah er Neapel und die Mittelmeerküste Spaniens schon bald Angriffen seitens der Osmanen, die sich 1517 in Ägypten festgesetzt hatten, und ihrer Verbündeten, den nordafrikanischen Korsaren, ausgesetzt. Mit der Wahl Karls I. zum römischen König bzw. Kaiser 1519 nahm der Konflikt eine andere Dimension an; Karl sah sich in Wiederaufnahme der mittelalterlichen Kaiseridee verpflichtet, die abendländische Christenheit im Kampf gegen die "Ungläubigen" zu vereinen und den Kreuzzug gegen sie anzuführen. Die Christenheit war jedoch nicht mehr zu einen: Der katholische König Franz I. von Frankreich, der sich durch die habsburgische Umklammerung seines Landes bedroht fühlte, verbündete sich Mitte der dreißiger Jahre des 16.Jahrhunderts mit den Türken und unterstützte zudem Karls Gegner im Reich, die protestantischen Fürsten.
Die Kriege im Mittelmeerraum zwischen Karl bzw. dessen Thronfolger in den spanischen Erblanden, Philipp II., und den Türken dauerten bis Ende der siebziger Jahre des 16.Jahrhunderts an. Die Habsburger konnten zahlreiche Siege davontragen: Bereits 1511 hatte Ferdinand II. Tripolis eingenommen, 1532 eroberte der kaiserliche Admiral Andrea Doria mehrere südgriechische Städte von den Osmanen zurück, und 1535 nahm er zusammen mit Karl Tunis ein. Philipp II. gelang es 1565, die Belagerung Maltas durch die Osmanen aufzuheben, und 1571 bereitete er mit päpstlicher und venezianischer Unterstützung den Osmanen in der Seeschlacht bei Lepanto eine vernichtende Niederlage und leitete damit den Niedergang der osmanischen Vorherrschaft im Mittelmeer ein.
Diese Siege waren jedoch kaum mehr als erfolgreiche Einzeloperationen. Die Türken mit ihren hoch entwickelten Werften in Konstantinopel und dem nahezu unbegrenzten Holznachschub von der Schwarzmeerküste waren mehr als ebenbürtige Gegner für die Spanier. Spanien selbst war nicht nur in den Türkenkriegen engagiert, sondern auch in seinen Kolonien in der Neuen Welt sowie in Konflikten mit Frankreich, später auch mit den Niederlanden und mit England. Vom Reich und aus den österreichischen Erblanden, die selbst vom Balkan aus von den Osmanen bedroht wurden, erhielt Karl für seine spanischen Kriege im Mittelmeerraum keine Unterstützung; umgekehrt ließ Spanien Karl für die Türkenkriege in den österreichischen Erblanden ebenfalls keine Hilfe zukommen. Für die meisten der Zeitgenossen Karls hatte die Kreuzzugsidee - der Kampf der vereinten Christenheit unter der Führung des Kaisers - keine Gültigkeit mehr.
Die Siege der spanischen Habsburger blieben aufgrund erfolgreicher osmanischer Gegenschläge ohne größere Bedeutung. 1541 scheiterte Karl vor Algier, und 1551 ging Tripolis wieder verloren. Um die Jahrhundertmitte führten Osmanen und Franzosen gemeinsam einige Angriffe auf Korsika und den spanischen Besitz in Italien. Trotz ihrer Niederlage in der Seeschlacht von Lepanto blieben die Osmanen auf Zypern, das sie 1569 Venedig abgenommen hatten. 1574 eroberten die Osmanen Tunis zurück, und 1578 kam es zu einem spanisch-türkischen Waffenstillstand. In der Folge zogen sich die spanischen Habsburger aus dem Türkenkrieg im Mittelmeerraum zurück zugunsten eines verstärkten Engagements im Niederländischen Unabhängigkeitskrieg und in Mitteleuropa.
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