1639 wurden das Elsaß weitgehend von Frankreich erobert, um zu vermeiden, daß es in die Hände der spanischen Habsburger fällt. 1646 sahen sich die Habsburger, von ihren Feinden im Westen und auch in Ungarn von den Türken hart bedrängt, gezwungen, den im Oberelsaß gelegenen Sundgau an Frankreich, das ihn besetzt hielt, für eine Summe von 1.200.000 Talern zu verkaufen. Als die Feindseligkeiten durch den Westfälischen Frieden 1648 schließlich beendet wurden, kam der überwiegende Teil des Elsaß zu Frankreich, ausgenommen einige Freistädte. Die Vertragsabmachungen bezülich des Elsaß waren ausgesprochen verwirrend. Man nimmt an, daß die Absicht dahinterstand, daß weder der franzöische König noch der deutsche Kaiser vollständige Kontrolle haben sollte; auch entstünde durch das gegenseitige Ausspielen eine gewisse Autonomie für das Elsaß.
Der Dreißigjährige Krieg (1618-48) war einer der schlimmsten Zeitabschnitte in der Geschichte des Elsaß. Er führte zu Tod oder Flucht einer großen Bevölkerungszahl insbesondere auf dem Lande, da das Land mehrfach und wechselnd von französischen, schwedischen oder kaiserlichen Truppen besetzt und verwüstet wurde. Zwischen 1648 und der Mitte des 18. Jahrhunderts kamen viele Einwanderer insbesondere aus der Schweiz, aber auch aus Deutschland, Österreich und Lothringen. Frankreich festigte seine Besitzungen im Vertrag von Nimwegen 1679, der auch die Städte unter seine Kontrolle brachte. Überraschend besetzte und annektierte es 1681 Straßburg. Diese territorialen Veränderungen wurden nach dem Pfälzer Erbfolgekrieg im Vertrag von Rijswijk 1691 bestätigt, aber vom Heiligen Römischen Reich Deutscher Nation bis 1697 nicht anerkannt. So wurde schließlich das ganze Elsaß französisch. Kriege (Pfälzer, Spanischer und Österreichischer Erbfolgekrieg), ständige Kriegsbedrohung, Naturkatastrophen, Hungersnöte und Überbevölkerung veranlassten im 18. Jahrhundert Zehntausende Elsässer zur Auswanderung in die durch die Habsburger von den Türken zurückeroberten und menschenleere Gebiete des ehemaligen Südungarn, vorwiegend Banat und Batschka.
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