Die Kriegsschäden waren gewaltig und kaum übersehbar : beschädigte und zerstörte Unterwerke (Transformatoren) und Kabelverbindungen, durch Bomben oder Artillerie zerstörte Bahnbetriebswerke (Werkstätten), an zahlreichen Stellen konnte
man den Oberbau nicht mehr benutzen, die meisten Brücken waren zerstört oder unpassierbar, die Tunneldecke des Nord-Süd-S-Bahn-Tunnels unter dem Landwehrkanal gesprengt, und durch Luftangriffe waren ein Großteil des Fahrzeugparks, Bahnhöfe, Stellwerke, Signale und Sicherrungseinrichtungen beschädigt worden.
Bald fiel die Berliner-S-Bahn unter die Demontagen zum Opfer : die elektrischen Einrichtungen der Unterwerke wurden geklaut, das Ausbesserungswerk Schöneweide wurde gestürmt und die gesamte Strecke von Ostkreuz bis Erkner zerstört.
Von den gebliebenen Fahrzeugen mußten ungefähr 80 Viertelzüge an die Polnische Staatsbahn abgegeben werden und sind zum Teil noch heute auf den Strecken Danzig-Zoppot-Gedingen-Neustadt und Danzig-Neufahrwasser im Einsatz. Danach requirierte die Sowjetunion eine große Zahl von S-Bahnwagen, die sie aber 1952 zum Teil zurückgab.
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