In Norddeutschland leitete die Liga nach ihren Siegen Rekatholisierungsmaßnahmen ein. Als sich daraufhin die protestantischen norddeutschen Staaten an auswärtige Mächte um Hilfe wandten, es zugleich zu politischen Wechselwirkungen zwischen der konfessionellen Auseinandersetzung im Reich und dem Niederländischen Freiheitskampf kam, nahm der Krieg in seiner zweiten Phase internationale Dimensionen an. Gefördert wurde die Bereitschaft einiger europäischer Mächte, vor allem Englands und Frankreichs, aufseiten der Protestanten in den Krieg einzugreifen, durch deren zunehmendes Misstrauen gegen die wachsende Macht Habsburgs. Frankreich und England, die damals gegen das habsburgische Spanien verbündet waren, sahen auf Grund innenpolitischer Schwierigkeiten allerdings von einem sofortigen, direkten Eintritt in den Krieg ab. Christian IV., König von Dänemark und Norwegen und zugleich Herzog von Holstein und Oberster des Niedersächsischen Reichskreises, kam dagegen den deutschen Protestanten zu Hilfe. Christians Intervention war nicht nur religiös motiviert; er wollte vor allem seine territorialen Ambitionen in Norddeutschland verwirklichen.
Mit Unterstützung lutherischer und calvinistischer deutscher Fürsten mobilisierte Christian im Frühjahr 1625 ein umfangreiches Heer und marschierte in Sachsen ein, traf aber erst ein Jahr später auf nennenswerten Widerstand. Inzwischen hatte Albrecht von Wallenstein aus eigenen Mitteln ein großes Söldnerheer aufgestellt, trat mit ihm in die Dienste Kaiser Ferdinands II. und wurde Generalissimus der kaiserlichen Truppen. Außer Wallensteins Heer stand dem Kaiser noch die Armee der katholischen Liga unter Tilly zur Verfügung. Wallenstein und Tilly besiegten mehrere Male die Truppen der Protestanten und überrannten daraufhin ganz Norddeutschland und plünderten zahlreiche Städte und Dörfer. Wallenstein verfolgte Christian auf dessen Rückzug und schließlich musste Christian im Frieden von Lübeck den territorialen Status quo akzeptieren, d. h. auf zahlreiche kleinere Gebiete in Deutschland verzichten; Dänemark schied damit aus dem Dreißigjährigen Krieg aus.
Der überwältigende Sieg der Kaiserlichen bot die Grundlage für das Restitutionsedikt, das Ferdinand 1629 erließ. Dieses Edikt ordnete die Rückführung der seit dem Augsburger Religionsfrieden (1555) säkularisierten, jetzt von Protestanten beanspruchten ehemals geistlichen Territorien zum Katholizismus an; außerdem gestattete es den katholischen Reichsständen, ihre Untertanen zu rekatholisieren. Die wachsende Macht des Kaisers, die in dem Edikt ihren Ausdruck fand, rief allerdings sowohl im Reich als auch im Ausland Opposition hervor: Im Reich setzten vor allem auch die katholischen Fürsten der absolutistischen, gegen die ständestaatliche Verfassung gerichteten Tendenz des Kaisertums Widerstand entgegen; sie zwangen den Kaiser 1630 zur Entlassung Wallensteins, einer der wichtigsten Stützen der kaiserlichen Macht, und zur Einbeziehung der Reichsstände in Fragen der Kriegsführung und der Außenpolitik.
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