Antibiotika wie das von Fleming entdeckte Penicillin sind Pilze oder Enzyme, die das Mureingerüst auflösen können. Da nur Protocyte ein Mureingerüst besitzen, werden keine eukaryotische Zellen angegriffen. Antibiotika wirken vor allem gegen Gram-positive Bakterien, da diese einen höheren Murein-Anteil in der Zellwand besitzen.