Die wichtigsten Teile des Zwischenhirns sind der Thalamus und der Hypothalamus. Der Thalamus ist im menschlichen Körper für die Informationsumsetztung zwischen den Sinnesorganen und dem Großhirn zuständig. Der Hypothalamus hingegen ist ein zentraler Teil, der die Steuerung des vegetativen Nervensystems inne hat.
An der Oberseite des Zwischenhirns befindet sich die Epiphyse, oder auch Zirbeldrüse genannt. An der Unterseite des Zwischenhirns befindet sich die Hypophyse. Sie ist das Steuerzentrum für die Tätigkeit der meisten Hormondrüsen. Die Hypophyse regelt zum Beispiel den Wasserhaushalt des Körpers, die Nahrungsaufnahme und den Sexualtrieb.
Eine weitere wichtige Funktion der Hypophyse ist die Regelung der Körpertemperatur. Die Körpertemperatur wird auch Kerntemperatur genannt.
In der Umgebung der Hypophyse befinden sich hochsensible Temperaturnerven, die die Hypophyse dazu veranlassen die Temperatur des Körpers zu verändern. So gewähleistet die Hypohyse die fast konstante Kerntemperatur im Inneren des Körpers. Im Gegensatz zur Umgebungstemperatur , die ständig großen Schwankungen ausgesetzt ist, hat die Krentemperatur enen fast konstanten Wert von 37°C.
Die Erwärmung des Körpers wird hormonell durch die Durchblutung der Haut gesteuert. Bei sehr hoher Durchblutung der Haut werden Beispielsweise die Schweisdrüsen angeregt, um den Körper abzukühlen.
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