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Als Ursache der Pest vermutete man im Mittelalter wie auch bei anderen Krankheiten Veränderungen der Luft, giftige Dünste, Schwärme von unsichtbaren Insekten, deren Eindringen in den Blutkreislauf Veränderungen im Körper zur Folge haben sollte. Daneben wurden auch die Juden als angebliche Brunnenvergifter für die großen Pandemien verantwortlich gemacht, was im Zuge der zweiten großen Pestwelle im 14. Jahrhundert zu Ausschreitungen und Poyromen führte. Behandlungsversuche beschränkten sich auf die Anwendung schweißtreibender Mittel, das Aufschneiden der Pestbeulen, sowie auf das Ausräuchern der Krankenzimmer. Doch bereits im 14. Und 15.
Jahrhundert wurden in europäischen Metropolen sinnvolle seuchenhygienische Maßnahmen eingeführt. Eine Vorreiterfunktion nahm dabei Venedig ein, das bereits 1343 eine staatliche Gesundheitskommission und 1348 als erste Stadt den Pestbrief eingeführt hatte, der dem Reisenden bescheinigte, aus einer pestfreien Gegend zu kommen. Ohne diese Bescheinigung war es dem Reisenden verwehrt, venetianisches Gebiet zu betreten. Auch die Quarantäne war eine Erfindung Venedigs. Auf der Insel Santa Maria di Nazareth mußte ein Fremder 40 Tage (Quaranta) in einem Lazaretto zur Beobachtung seines Gesundheitszustandes verbringen. Hieraus entwickelte sich der Begriff Quarantäne.
Andere Städte übernahmen später die von Venedig eingeführten Gesetze. Auch die Behörden in Deutschland versuchten durch "Pestordnungen\", die Seuchen einzudämmen. So erließ der Augsburger Stadtrat 1607 einen Erlaß, der Vorbeugungsmaßnahmen für eine Reihe von Seuchen, darunter auch die Pest, enthielt: Die Gassenhauptleute wurden aufgefordert, Krankheitsfälle zu melden. Infektionsverdächtige Personen durften 4 Wochen lang das Haus nicht verlassen und wurden durch \"Zuträger\" versorgt. Zusammenkünfte wurden beschränkt, der Wirtshausbesuch unterbunden, und Bürger, die Kranke beherbergten, war das Aufsuchen von Kirchen und Rathaus strengstens untersagt. Bettzeug und Kleider der Infizierten mußten 6 Wochen gelüftet werden; Häuser der Kranken durften 6 Monate über nicht bezogen werden.
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