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Der \"Superstar\" der barocken Medizin war zweifelsohne William Harvey (1578-1657), dessenArbeiten über den Blutkreislauf so hoch einzuschätzen sind, wie das anatomische Pionierwerk des Renaissance-Forschers Andre Vesalius, die FABRICA, ein Jahrhundert zuvor.
So detailiert Harvey´s Beobachtungen auch waren, die Verbindung zwischen venösem und arteriellem Kreislauf durch Kapillaren hat er nicht gefunden.
Diese Lücke wurde drei Jahre nach Harvey´s Tod von Marcello Malphigi (1628-1694) mit Hilfe des Mikroskops im Jahre 1661 geschlossen. 1665 beschrieb er die Erythrocyten.
Während sich Vesalius einen Namen als Begründer der makroskopischen Anatomie machte, gilt Malphigi als Begründer der Histologie.
Zahlreiche anatomische Strukturen wie \"Malpighi-Gefässe, Malpighi\'sche-Körperchen\" (Glomerula) tragen seinen Namen.
Um die Wende vom 17. zum 18. Jahrhundert baute der Optiker John Marshall (1663-1725) ein etwas schwerfälliges Mikroskop, das an die Konstruktionen von Hooke angelehnt war. Neu war ein beweglicher Kondensor unter dem Objekttisch, welcher die Untersuchungen im Durchlicht erheblich verbesserte.
Grosse Fortschritte gab es in England, wo sich der Instrumentenmacher Edward Culpeper (1660- ca.1740) um eine sinnvolle Vereinfachung des Marshall-Mikroskops bemühte. Er führte die \"Zwischenlinse\" ein und konstruierte etwa 1730 ein billiges und praktisch zu handhabendes Instrument. Neu waren daran die Feineinstellung durch Verschieben des Tubus in einer Hülse und der in der optischen Achse stehende Hohlspiegel, was eine besondere Kondensorlinse unnötig machte. Für Auflichtuntersuchungen gab es am Rand des Mikroskoptisches eine verstellbare Kollektorlinse.
August Köhler (1866-1948) entwickelte 1904 in Zusammenarbeit mit seinem Kollegen von Rohr bei Zeiss ein Ultraviolett-Mikroskop, um mit der kleineren Wellenlänge eine höhere Auflösung zu erreichen. Das Licht wurde von einer Cadmiumlampe erzeugt, die Optik wurde aus Quarz gefertigt. Dieses Mikroskop war sehr teuer und auch eingeschränkt einsetzbar, eröffnet aber der Fluoreszenzmikroskopie neue Wege.
Als hervorragende Mikrophotograf entwickelte Köhler eine standardisierte Beleuchtung, die sogenannte Köhler´sche Beleuchtung, bei der Objekt, Iris- und Aperturblende in einer konjugierten Fokusebene stehen. Ein quantitativer Einsatz der Mikroskopie, z.B. als Photometer oder bei der Bildanalyse, ist erst durch diese Beleuchtung möglich.
1935 entwickelte der holländische Physiker Frits Zernike (1888 - 1966) das Phasenkontrastverfahren, mit dem man kontrastarme und ungefärbte Strukturen darstellen kann.Seine Erfindung wurde fast vergessen, bis sich im zweiten Weltkrieg ausgerechnet die deutschen Militärs dafür interessierten. Er verkaufte sein Patent der Fa. Zeiss und so kamen Anfang 1940 die ersten Phasenkontrasteinrichtungen auf den Markt. 1943 konnte erstmals der Biologe Kurt Michel mit diesem Verfahren die Zellteilung beobachten und filmen. Das Verfahren wurde sehr wichtig in der Routinediagnostik. 1953 wurde Zernike dafür mit dem Nobelpreis ausgezeichnet.
In Deutschland wurde neben Jena vor allem Wetzlar wegen seiner optischen Werkstätten bekannt. Die erste wurde im Juli 1849 von Karl Kellner (1826‑1855) gegründet.
1851 wurde das erste Mikrokop ins Ausland, nach Genf, geliefert. Auf Kellner folgte Christian Friedrich Belthle (1828-1869). Unter Belthle wurde 1865 der Mechaniker Ernst Leitz (1843-1920) Mitinhaber des Werks. Er führte in den optischen Werkstätten die straffe Arbeitsteilung ein, die er während seiner Wanderjahre in der schweizerischen Uhrenindustrie kennengelernt hatte. 1869, nach Belthles Tod, wurde Leitz alleiniger Inhaber des Wetzlaer Betriebs, dem er seinen Namen gab.
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