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Bei Temperaturen von über 100 Millionen Grad würden alle Materialen, die den Brennstoff einschließen, schmelzen beziehungsweise verdampfen. Daher wird der Brennstoff bei derzeitigen Versuchen in Plasma - Form (Atom ist aufgetrennt: Elektronen und Atomkern bewegen sich unabhängig voneinander) im Vakuum, ohne Berührung mit dem Behälter, gezündet. Er wird durch starke Magnete, die um die ringförmige Reaktionskammer errichtet werden, auf der Bahn und mit Abstand zu den Gefäßwänden gehalten. Zusätzlich
müssen die Magnete stark gekühlt werden, sodass sie überhaupt die benötigte Stärke erreichen.
Diese Methode arbeitet mit sehr kleinen Teilchenzahldichten, das heißt, dass die Einschlusszeit im Bereich von Sekunden liegen muss, um das Lawson Kriterium zu erfüllen. Die Teilchenzahldichte liegt bei ca. 1014 /cm³, was ungefähr Vakuumbedingungen entspricht.
Historisch gesehen ist die Methode des magnetischen Einschlusses die ältere - so genannte Tokamak- und Stellaratoranlagen sind die erfolgreichsten Maschinen auf diesem Gebiet. In Europa wird fast ausschließlich das Konzept des magnetischen Einschlusses verfolgt. Bekannte Beispiele sind der JET- Reaktor (Joint European Torus) in England und der geplante ITER Reaktor.
Die Probleme dieses Verfahrens liegen auf der Hand: Das Kühlen der Magnete, das Halten und Erhitzen des Plasmas benötigt enorme Energiemengen, bis der Fusionsprozess überhaupt einsetzt. Bei bisherigen Projekten konnte die Fusion nur über kurze Zeit aufrechterhalten werden, so dass die durch die Fusion gewonnene Energie nur einem kleinen Teil der eingesetzten Energie entsprach.
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