Die Palaentologie ist die Wissenschaft der Geschichte der Lebewesen auf der Erde und schöpft ihre Erkenntnisse aus Fossilien. Ein an Fossilien sehr reiches und darum in Fachkreisen international bekanntes Gebiet ist die schwäbisch-fränkische Alb.
In Ablagerungen von Seen findet man gewöhnlich die Tierwelt eines fest umrissenen Zeitraumes. Das St.B. (wie übrigens auch das Nördlinger Ries) war vor etwa 14 Millionen Jahren von einem See erfüllt, da der Grundwasserspiegel damals einiges höher lag. Der See überlief an zwei Stellen. Die eine ist bei Sontheim und die zweite Richtung Heidenheim. An diesen Stellen wurde der Kraterrand wegerodiert und heute führen die Strassen durch diese Einschnitte aus dem Steinheimer Becken heraus. Die Existenz des Sees wird durch Algen, Klappen von Schalenkrebsen, Gehäusen von Süsswasserschnecken und vollständige Skelette von Fischen bezeugt. Das St.B. ist eine der reichsten Tertiärfundstellen des süddeutschen Raumes. Es finden sich neben Fischen auch Reste von Reptilien, Vögeln und Säugetieren.
Die Bekanntheit des St.B. geht schon ins 19. Jh. zurück und basiert neben den zahlreichen Wirbeltierknochenfunden auch auf dem "Schneckensand". Dies sind Ablagerungen in welchen kleine Süsswasserschnecken, Planorben genannt, zu Millionen eingeschlossen sind.
Die ersten palaentologischen Indizien für die Richtigkeit der Darwin'schen Evolutionslehre kamen aus Steinheim. Die Planorben im Schneckensand zeigen nämlich von unten nach oben eine mehr oder weniger kontinuierliche Entwicklung ihrer Gehäuse.
Seit 1969 werden in Steinheim systematische Grabungen nach fossilen Wirbeltieren vorgenommen. Diese Grabungen finden im südlichen Teil der Pharion'schen Sandgrube statt (im Westhang). Die Grabung bewegt sich also etwa im mittleren Bereich der Seeablagerung. Das Ziel der Grabung ist es, mit Hilfe möglichst vieler Fossilresten eine Rekonstruktion der Lebensverhältnisse am Steinheimer See zu ermöglichen. Zu den wichtigsten Funden gehören mehrere vollständige Skelette. Das eines Gabelhirsches, einer Schildkröte mit dazugehörendem Panzer und ein etwas rekonstruiertes Skelett eines Zwerghirsches.
Der See im St.B. wurde zumindest zeitweise von Fröschen, Krokodilen, Süsswasserschildkröten, Wasservögeln, Bibern, Fischottern und ähnlichem bewohnt. Erhaltene Blattabdrücke sowie Früchte des Zürgelbaumes lassen auf eine reiche Vegetation in Nähe des Sees schliessen. Für die in der trockenen Umgebung der Albhochfläche lebenden Tiere war der See eine natürliche Tränke. So lebten in der Umgebung des Sees Landschnecken, Eidechsen, Schlangen, Landschildkröten, Fledermäuse, Eichhörnchen und Zwerghamster. Man fand auch Überreste von drei Schweinearten, Zwerghirschen, etwas grösseren Gabelhirschen, Tiere der weiten Verwandschaft der Giraffen, verschiedene Arten von Nashörnern, ein Urpferd und Verwandte der Elefanten. Bei der Säugetiergruppe Raubtiere fand man Marder, kleine Bären, Schleichkatzen und Säbelzahntiger. Diese reichen Tierbestände lebten vor ungefähr 14 Millionen Jahren am Steinheimer See in einem wesentlich wärmeren Klima als es heute hier herrscht.
Wieso aber gibt es im St.B. so viele Fossilien? Das hat zwei Gründe: Zum einen hat die zeitweilige Austrocknung des Sees dazu geführt, dass die Fische an bestimmten Stellen, wo länger Wasser lag, zusammengedrängt wurden und dann alle dort verendeten. Bei den Wirbeltieren ist es etwas komplizierter. Immerhin verrät die Tatsache, das vollständige Skelette gefunden wurden, dass der Sterbeort und der Einbettungsort nicht sehr weit auseinander liegen können. Auch hier gibt es verschiedene Erklärungsversuche. Die Hypotese, die Knochen seien Überreste von gefressenen Tieren kann fast 100% ausgeschlossen werden, da an den Knochen nie Frassspuren gefunden wurden. Auch die Annahme, die Tiere seien ertrunken als der Seespiegel anstieg und der Zentralhügel auf den sie sich gerettet hatten unter Wasser gesetzt wurde, ist nicht über alle Zweifel erhaben. Immerhin die Vögel und ans Wasser angepasste Tiere wie Biber u.ä. hätten sich in diesem Fall retten können. Schon einiges Wahrscheinlicher ist folgende Theorie: Bestimmte feinkörnige Schichten der Seeablagerungen werden im Volksmund sehr treffend als "Klebsand" bezeichnet. Diese trocknen wenn sie freiliegen oberflächlich rasch an, bleiben aber darunter zäh und weich. So können gefährliche Fallen für junge unerfahrene und schwache alte Tiere auf dem Weg zur Tränke entstanden sein. Die so gefangen und gestorbenen Lebewesen wurden dann an Ort und Stelle konserviert.
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