Muromachi-periode (1338 - 1573)

Nach der Machtübernahme des tenno Godaigo, wollte dieser wieder die kaiserliche Regierung einführen, die sich auf den Hof, die Adeligen und die Klöster stützen sollte. Doch gegen das bakufa und die Samurai vorzugehen mißlang und 1336 marschierte Ashikaga Takauji in der Hauptstadt Kyoto ein und ernannte einen neuen tenno. Aber Godaigo floh auf die Halbinsel Kii und errichtete einen zweiten, den südlichen, Hof. Bis 1392 existierten beide Höfe nebeneinander und beide gaben sich als die rechtmäßigen Herrscher aus.
Den Ashikaga gelang es nicht eine so starke Führung zu übernehmen wie es den Hojo und Minamoto Yoritomo gelang. Es gab aufgrund zahlreicher Fehden zwischen dem nördlichen und dem südlichen, als auch zwischen den Familien, während der ganzen zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts Bürgerkriege. 1338 wurde Ashikaga Takauji zum shogun ernannt. Die Periode erhielt ihren Namen von der Residenz der Ashikaga, Muromachi einem Viertel in Kyoto. Die Ashikaga behielten dennoch das Kamakura-bakufu bei und verlegten es nach Kyoto.
Ashikaga formte auch eine neue Regierungsstruktur. Er schuf Generalgouverneure, die mit den Familienoberhäuptern der drei mächtigen militärischen Geschlechter Shiba, Hosokawa und Hatakeyama besetzt wurden. Für die Kanto-Region gab es einen eigenen Generalgouverneur, während für Kyushu, Zentraljapan und Norjapan zusätzlich Statthalter eingesetzt eingesetzt wurden. Unter diese regionalen Gouverneure, die vorher meist shugo gewesen waren, wurden die shugo gesetzt. Da das shugo-Amt nun erblich war und einige zusätzliche Rechte bekam, wurden sie allmählich zu Feudalherren. Damit sie die notwendigen Heere aufgrund der Bürgerkriege unterhalten können, wurde ihnen die Hälfte der eingehobenen Steuern gegeben. Tatsächlich aber bemächtigten sich die shugo der Hälfte der shoen-Besitztümer. Für die Hofadeligen bedeutete dies eine Abschwächung der Einnahmen, jedoch konnten sie sich an niemanden wenden, da dem shogun die Beziehungen zu den shugo wichtiger war. Letztendlich war es jedoch der shogun der die shugo entscheidend schwächte. Er zwang sie dazu ihre Residenz in Kyoto zu errichten, was zur Folge hatte, daß die shugo nicht nur finanziell in Schwierigkeiten waren, sondern auch noch ihren Einfluß in den Provinzen verloren. Stattdessen erweiterten die lokalen Oberschicht-Familien, die kokujin, ihren Machtbereich und errichteten Burgen aus Holz um an militärische Stärke zu gewinnen.
Der Begründer der Ashikaga-shogun Takauji hatte ziemliche Schwierigkeiten gegenüber dem südlichen Hof. Die Macht erreichte erst mit Yoshimitsu, Yoshimochi und Yoshinori ihren Höhepunkt. Yoshimitsu (reg. 1368 - 1394) dankte ab um Großkanzler zu werden. Der 6. Ashikaga-shogun Yoshinori ging sogar gegen die shugo vor, indem er nicht gewünschte durch andere ersetzte. Nachdem er jedoch einem seiner shugo zwei seiner drei Provinzen wegnehmen wollte, ermordete dieser ihn. Damit war das Ende der Ashikaga-shoguns eingeleitet. Die Ashikaga konnten zwar das Amt des shogun noch weitere 100 Jahre behalten, der Titel selbst war jedoch weitgehend bedeutungslos geworden. Unter dem schwächsten shogun Yoshimasa begann der größte Bürgerkrieg Japans im Mittelalter, der Onin-Krieg. Anlaß dieses Krieges war ein Streit um die Erbfolge des shogun, als auch bei zwei shugo-Familien. Von 1467 bis 1477 bekämpfte sich das ganze Land, welches sich in zwei Parteien aufspaltete, rund um Kyoto. Der Onin-Krieg war aber nur die Einleitung zu weiteren Kämpfen zwischen den Provinzen.
In dieser Zeit formte sich einen neue Gruppe von Bürgern, die gegen die Unterdrückung der Oberschicht kämpfen wollten, die sogenannten ikki. Diese ikki beschränkten sich meist auf Dörfer oder shoen-Besitzungen, als aber 1428 einen Epidemie ausbrach, formten sich einzelne ikki zusammen und besetzten die Hauptstadt Kyoto um den Kaiser zum Erlass von Schulden zu zwingen. Da diese Aktion Erfolg hatte, kam es in der Folgezeit immer öfters zu solchen Bittstellungen. Während in der Umgebung von Kyoto die ikki ihre Beschwerden direkt an das bakufu richteten, richtete sich der Hass der ikki in den entlegeneren Gebieten an die shugo. Da diese nicht in der Provinz sondern in der Hauptstadt residierten, gaben die kokujin den Bitten nach anstatt sich nach den Befehlen ihrer shugo zu richten. So kam es daß Ende des 15. Jahrhunderts sich das shugo-System auflöste. Anstelle der shugo traten die kokujin an die Macht. Diese Herrscher, die daimyo, mussten sich ihren Platz erst durch lange Kämpfe sichern, da immer wenn ein daimyo starb, sich die anderen kokujin um dessen Nachfolge stritten. Die neuen daimyo schafften es ihre Rivalen, die kokujin, zu überlisten, indem sie mit den Dörfern direkt verkehrten. So waren die kokujin gezwungen sich den daimyo anzuschließen. Trotzdem kam es zu ikki-Organisationen der kokujin. So gelang es einer ikki-Organisation 1485-1493 die Steuerleistung zu verweigern um so einen unbeliebten daimyo abzuwehren. Noch berühmter war der Kaga-Aufstand, der von 1488 bis 1580 dauerte. In Kaga wurde der dortige shugo zum Selbstmord gezwungen und anstelle der nachfolgenden shugo, regierten Mönche der ikko-Sekte gemeinsam mit samurai und Bauern.
Die ikki-Organisationen waren der erste Ansatz zu einer demokratischen Regierung. Um diesen Organisationen entgegenzuwirken, versuchten die daimyo eine starke zentrale Regierung aufzubauen, indem sie die shoen-Besitztümer abschafften. Der daimyo wurde zum absoluten Herrscher über sein Land und konnte Lehen ganz nach Belieben verteilen. Man könnte sie mit kleinen absolutistischen Fürsten in Europa vergleichen. Um 1560 gab es 200 daimyos die etwa ein Drittel des Landes beherrscht haben. Der Rest war in kleine Machtbereiche unterschiedlichster Art unterteilt.
Trotz der vielen Kriege die durch das Land zogen blühte der Handel. Es entstanden wie in Europa Gilden und neue Berufe. Während es zwischen dem 8. und dem 10. Jahrhundert eine offizielle Münzprägung gegeben hat, herrschte zu dieser Zeit Verwirrung. Es wurden oft chinesische Kupfermünzen und schriftliche Zahlungsanweisungen verwendet. So entstanden zwei neue Berufsgruppen, die später zu den wichtigsten gehörten, die Geldverleiher und Geldwechsler. Der Handel mit China wurde während der Ashikaga-Regierung wieder aufgenommen. Takauji zahlte China einen Tribut, dafür wurde er vom Ming-Kaiser als König von Japan eingesetzt. Für Ashikaga war das leicht zu ertragen, da der Handel mit China viel einbrachte. Auch mit Korea wurde viel Handel betrieben, obwohl japanische Seeräuber diese Beziehung gefährdeten. Die Ming-Regierung drohte des öfteren den Handel einzustellen, wenn die bakufu-Regierung nichts gegen die Seeräuber, die wako, unternimmt. Da aber auch einige daimyo mit den Seeräubern gemeinsame Sache machten, wurden diese immer mächtiger und drangen sogar bis Indochina und den Philippinen vor. Erst unter Hedyoshi gelang es sie zu stoppen.
Im Bereich der Kultur entwickelte sich der Zen-Buddhismus in der Muromachi-Periode stark weiter. Wie in der Kamakura-Periode förderten die Ashikaga-shogun den Zen-Buddhismus, da die diplomatischen und wirtschaftlichen Beziehungen der Mönche zu China verantwortlich für die Handelsgespräche mit den Chinesen war. Aber die Mönche waren außerdem Schriftgelehrte und kannten bereits die einfachen Prinzipien der Buchhaltung.