Nach der Regierungsübernahme Hitlers am 30. Januar 1933 wurde die SS zusammen mit der SA zur Hilfspolizei berufen, behielt aber trotzdem ihre innerparteilichen Aufgaben bei. Am 17. Juni 1933 schuf sich Hitler eine neue "Stabswache" aus 120 auserwählten SS-Leuten unter der Führung von Sepp Dietrichs, die in "Leibstandarte Adolf Hitler" umbenannt wurde, und am 9. November 1933 auf ihn persönlich vereidigt wurde. Als Hitler mit Hilfe Himmlers und der SS 1934 die Führungselite der SA ermorden ließ, trat die SS aus dem Schatten der SA heraus und wurde eine eigenständige Organisation unter der Führung Himmlers.
Am 30. Juni 1934, nachdem die Konzentrationslager der SA aufgelöst waren, wurden neue Lager unter Bewachung der SS eingerichtet. Die SS-Wachmannschaften bekamen den Namen "Totenkopfverbände". Sie standen unter der Führung von SS-Oberführer Theodor Eicke. Diese Verbände hatten 1936 eine Stärke von 3500 Mann, und 1938 eine Stärke von 8500 Mann.
Als Hitler am 16. März 1935 die Wiedereinführung der Wehrpflicht verkündete, verfügte er sogleich die Aufstellung einer SS-Verfügungstruppe als eine voll militärische Formation, die den Kern einer neu zu bildenden SS-Divison darstellen sollte. Diese Verfügungsdivision hatte strenge Aufnahmebedingungen, wie die Mindestgröße von 1,80 Metern und vor allem den Ariernachweis bis zur vierten Generation. Der Dienst in der SS-Verfügungstruppe galt als Wehrdienst.
Am 30. März 1933 wurde unter Reinhard Heydrich der Sicherheitsdienst (SD) gegründet, der die Aufgabe der Personalauskunft hatte. Am 9. Juni 1934 wurde der SD von Hitler zum Nachrichten - und Abwehrdienst der Partei ernannt. Die Akten des SD trugen zur Verfolgung politischer Gegner und zur Vernichtung der Juden auch in den später besetzten Gebieten bei.
Im Juni 1936 schuf Himmler die Sicherheitspolizei (SIPO) als Exekutivinstrument zum Schutze der Reichssicherheit. Die Sicherheitspolizei war eine Vereinigung von Geheimer Staatspolizei (Gestapo) und Kriminalpolizei. Chef der SIPO wurde Himmler, allerdings blieb die Leitung Heydrich vorbehalten. Die Aufgabe der SIPO, insbesondere der Gestapo, war die Bespitzelung der Bevölkerung und die Überwachung politischer Gegner.
Ein Erlaß Himmlers vom 27. September 1939 faßte die Ämter des Chefs der SIPO und des SD unter Leitung Heydrichs zusammen. Dies wurde das Reichssicherheitshauptamt (RSHA), welches sich zur Zentralen Führungsstelle bei den Vernichtungsmaßnahmen entwickelte.
Nach Heydrichs Tod in Folge eines Attentats 1942 übernahm Ernst Kaltenbrunner die Leitung des RSHA. Leiter des "Juden - Referats" IV B4 und somit Hauptverantwortlicher für die Massenvernichtung der europäischen Juden wurde Adolf Eichmann, der ab 1942 in Folge der Wannseekonferenz die Einrichtung von Massenvernichtungslagern verfügte.
Seit 1942 war eine der Hauptaufgaben der SS die systematische Vernichtung von Juden und politischen Gefangenen.
Neben den SS-Totenkopfverbänden, die der Lagerbewachung zugeteilt waren, wurde 1939 aus den SS-Verfügungstruppen die Waffen-SS gebildet, die neben der Wehrmacht auch an der Front kämpften. Die Waffen-SS wird für viele Massenexekutionen in den besetzten Gebieten in Zusammenarbeit mit den Einsatzgruppen und Sonderkommandos verantwortlich gemacht. Aus diesem Grund wurde in den Nürnberger Prozessen 1946 die Waffen-SS zusammen mit den übrigen SS-Verbänden zur "verbrecherischen Organisation" erklärt.
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