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In Ulrich Zwingli fand Zürich einen Reformator, der sowohl die theologisch-kirchliche als auch die politisch-soziale Seite der Neuordnung in Angriff nahm. 1523/25 beschloß die Stadt Zürich die Reformation. Ihr folgte die Mehrzahl der Städte (1528 Bern). Die Fünf Orte Luzern, Uri, Schwyz, Unterwalden und Zug organisierten den katholischen Widerstand. 1531 kam es zum konfessionellen Krieg. Zwingli fiel am 11. 10. in der Schlacht von Kappel. Der 2. Landfrieden von Kappel (20. 11.) schuf eine katholische Hegemonie. Fortan gab es zwei Blöcke: die katholische Schweiz (Fünf Orte, Freiburg und Solothurn, Wallis, Abtei Sankt Gallen, Rottweil, Ennetbergische Vogteien) und die reformierte Schweiz (Zürich, Bern, Basel, Schaffhausen, Stadt Sankt Gallen, Biel, Mülhausen, Neuenburg, Genf). Paritätisch entwickelten sich Glarus, Appenzell, Graubünden, Toggenburg und die meisten gemeinen Herrschaften diesseits der Alpen.
In der >Confessio Helvetica posterior< (1566) schlossen sich die schweizerischen Zwinglianer und Kalvinisten zu einer Glaubensgemeinschaft zusammen. Der reformierten Neuorganisation folgte bald die katholische (Goldener Bund, 1586). Die Dreizehn alten Orte entwickelten während des Dreißigjährigen Krieges ihre grundsätzliche Neutralität, die sich in der Folge in allen europäischen Kriegen des 17. und 18. Jh. bewährte. Innerhalb der Schweiz kam es jedoch, abgesehen von regional beschränkten Unruhen, in den beiden Villmerger Kriegen (1656, 1712) zum gesamteidgenössischen Bürgerkrieg zwischen den führenden reformierten Kantonen Zürich und Bern und den katholischen Fünf Orten.
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