Ferdinands Erfolge in der zweiten Phase des Krieges verschärften die Gegnerschaft Frankreichs zu Habsburg; führender Kopf der Habsburggegner war der Kardinal und Staatsmann Richelieu, der leitende Ministers König Ludwigs XIII. von Frankreich. Innenpolitische Schwierigkeiten verboten Richelieu jedoch ein direktes Eingreifen im Reich; deshalb trat er in Kontakt mit König Gustav II. Adolf von Schweden. Als eifriger Lutheraner war Gustav Adolf von den norddeutschen Protestanten bereits um Hilfe gebeten worden. Aus diesem Grund und weil Frankreich seine Unterstützung zugesagt hatte und vor allem, weil Schweden seine Hegemonie über das Ostseegebiet ausbauen wollte, trat Gustav Adolf in den Krieg ein. 1630 landete er auf der Insel Usedom. Pommern, Brandenburg und Sachsen schwankten, ob sie sich an dem schwedischen Unternehmen beteiligen sollten, und verzögerten so den Beginn des Feldzuges erheblich. Während Gustav auf der Stelle trat, belagerte Tilly die Stadt Magdeburg, die sich damals gerade gegen das Reich auflehnte. Die kaiserlichen Truppen nahmen die Stadt ein und plünderten sie.
Doch Tilly wurde mehrmals von den Schweden zurückgeschlagen. In der ersten Schlacht in der Nähe von Leipzig erhielt Gustav Adolf sächsische Unterstützung. Die Sachsen flohen allerdings beim ersten Angriff, was Gustav Adolf beinahe den Sieg gekostet hätte. Er gruppierte schnell seine Truppen um und besiegte Tilly. Nach seinem Sieg zog das schwedische Heer zum Überwintern nach Süddeutschland. Auf dem Frühjahrsfeldzug errangen die Schweden zahlreiche Siege: Sie schlugen die Kaiserlichen bei Rain am Lech; Tilly wurde in dieser Schlacht tödlich verwundet. Augsburg und München wurden von den Schweden eingenommen. Als die Schweden dann sogar gegen Wien vorzurücken drohten, übertrug Ferdinand den Befehl über die kaiserlichen Truppen wieder Wallenstein und stattete ihn mit weit reichenden Vollmachten aus. Wallenstein stellte eilig ein neues Heer auf und marschierte in Sachsen ein. Das schwedische Heer folgte ihm, griff die kaiserlichen Truppen an und verschanzte sich dann bei Lützen. In der Schlacht am folgenden Tag fiel Gustav Adolf, das Treffen endete aber unentschieden. Herzog Bernhard von Sachsen-Weimar, Gustav Adolfs Nachfolger als Befehlshaber der schwedisch-protestantischen Truppen, überrannte nach Bayern. Wallenstein gelangen einige Schläge gegen schwedische Stützpunkte in Schlesien. Später begann Wallenstein im kaiserlichen Heer für einen Frieden zu werben. Er nahm auch eigenmächtig Verhandlungen mit Sachsen und Schweden auf, woraufhin er von Ferdinand des Hochverrats verdächtigt, abgesetzt und geächtet wurde. Seine engsten Vertrauten ermordeten Wallenstein im Februar 1634. Die kaiserlichen Truppen fügten Herzog Bernhard im Herbst 1634 eine vernichtende Niederlage zu und vertrieben die Schweden aus Süddeutschland.
Bestürzt über dieses Desaster zogen sich die Führer der protestantischen Koalition rasch aus dem Kampf zurück. Kaiser Ferdinand und Kurfürst Johann Georg I. von Sachsen schlossen den Frieden von Prag, dem sich in der Folge beinahe alle Reichsstände anschlossen. Der Friede von Prag bildete den formellen Abschluss der dritten Phase des Krieges; er räumte den Protestanten und Reichsständen gewisse Zugeständnisse ein und hob vor allem das Restitutionsedikt auf, außerdem sah er die Bildung eines Reichsheeres unter dem Oberbefehl des Kaisers vor sowie die Entfernung aller ausländischen Truppen aus dem Reich und die Auflösung aller Sonderbündnisse im Reich, z.B. der Liga. Der Versuch, mit diesem Vertrag einen dauerhaften Frieden im Reich zu etablieren, schlug jedoch fehl.
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