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Mit dem Begriff "Schwarzer Tod" bezeichnet man im allgemeinen nur die große Pestpandemie in der Mitte des 14.Jahrhunderts. Die Herkunft und ursprüngliche Bedeutung dieses Begriffes sind nicht bis ins letzte geklärt.
"Schwarz" muss weder im Deutschen noch im Lateinischen unbedingt für eine Farbe stehen, es könnte sich auch auf die verhängnisvollen Folgen der Pest beziehen. Wie man von einem "dies ater" spricht, einem "Schwarzen Tag", so hat man auch von der "mors atra" gesprochen, dem schwarzen, dem schrecklichen Tod. In den zeitgenössischen Quellen des 14. Jahrhunderts wird die große Pestpandemie meist als "pestilencia maxima" oder als "mortalitas magna" bezeichnet, in deutschen Chroniken als "ain gemainer sterb" oder "ein grot sterven" oder einfach als "de grote dod". "Pestilencia" oder "pestis" steht hier einfach für Seuche, wie das englische Wort "plague" im mittelalterlichen Latein gleichfalls ganz allgemein für Seuche verwendet wurde.
Angeblich kam der Begriff "schwarze Tod" schon im 14.Jahrhundert auf, schriftlich überliefert seit dem 17.Jahrhundert.
Andere hingegen versuchen eine buchstäbliche Deutung: "Der Name schwarzer Tod bezieht sich jedenfalls auf die im Laufe der Krankheit entstehenden schwarzen oder braunen Flecken."
Überhaupt zeigen Pest und einige andere Infektionskrankheiten so viele Gemeinsamkeiten, dass es keineswegs einfach ist, sie zu unterscheiden. Dass man Fleckfieber und Pest leicht miteinander verwechseln kann, darauf haben bereits im 19. Jahrhundert medizinische Autoritäten aufmerksam gemacht.
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