In Zentral- und Ostafrika hatte die Entwicklung einen anderen Verlauf genommen. Als die Portugiesen etwa um 1480 an der Küste von Kongo und Angola landeten, verbündeten sie sich schnell mit den Herrschern des Kongo, die zum Christentum bekehrt wurden. Mit diesen versuchten sie, einen Staat nach europäischem Vorbild zu gründen. Weiter südlich gründeten die Portugiesen im Jahr 1575 die Stadt Luanda als Stützpunkt für ihre Erforschung des angolanischen Hinterlandes. Aus diesem Gebiet stammten auch mehr als die Hälfte aller Sklaven, die nach Nord- und Südamerika verschleppt wurden. Als sie die ostafrikanische Küste erreichten, versuchten die Portugiesen, den Handel dieses Gebiets mit der islamischen Welt zu unterbinden. Dabei wurden eine Reihe von Stadtstaaten zerstört, andere wurden besetzt, bevor die gesamte Region schließlich wirtschaftlich verfiel. Nachdem die Portugiesen dann 1698 aus Mombasa vertrieben wurden, gelangte die Küste wieder unter die Kontrolle der einheimischen Herrscher. Im Verlauf des 18. Jahrhunderts übernahmen die Herrscher Omans zumindest nach außen hin die Kontrolle. Zu Beginn des 19. Jahrhunderts transferierte Sultan Sayyid Said, Herrscher Omans, sein Kapital nach Sansibar. Sansibar diente ihm dann als Stützpunkt, um seine Kontrolle über die Küste zu stärken und ins Inland vorzudringen. Dort trieb er mit den Staaten, deren Herrschaftsgebiet zwischen den ostafrikanischen Seen lag, Handel. Die britischen Bemühungen, den ostafrikanischen Sklavenhandel zu kontrollieren, führten im Jahr 1822 zu einem Vertrag, der den Verkauf von Sklaven an Bürger christlicher Länder untersagte. Dennoch ging der aktive Sklavenhandel weiter, denn eine große Zahl von Afrikanern wurde für die Gewürznelkenplantagen auf der Insel Sansibar und für die Sklavenmärkte im Nahen Osten benötigt.
In Äthiopien hatte die Ankunft der Portugiesen geholfen, die Eroberung durch die Muslime abzuwehren. Im Jahr 1542 warf eine vereinte portugiesisch-äthiopische Armee die islamischen Eindringlinge zurück. Nach Glaubensstreitigkeiten zwischen koptischen Kirchengelehrten und portugiesischen Jesuiten wurden die Portugiesen jedoch im Jahr 1632 ausgewiesen, und Äthiopien wurde politisch isoliert. Bis zum 18. Jahrhundert bestand die Gefahr, dass die Monarchie zusammenbrechen könnte. Von etwa 1769 bis 1855 erlebte Äthiopien das \"Zeitalter der Prinzen\": Die Kaiser wurden zu Marionetten mächtiger Adliger aus der Provinz. Durch die Krönung des Kaisers Theodorus II. ging dieses Zeitalter zu Ende.
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