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Sechs Jahre sind vergangen, seit den schrecklichen Vorgängen im Jurassic Park. Sechs Jahre, seit jener Traum von wissenschaftlicher Allmacht und vom Sieg menschlicher Phantasie ein jähes Ende fand. Alle geklonten Echsen wurden damals getötet, der Park verwüstet, die Insel für die Öffentlichkeit gesperrt. Doch es gibt Gerüchte, daß dort etwas überlebt hat.
Richard Levin, ein reicher, besserwissender Paläontologe und Ian Malcolm, ein Pionier der Chaostheorie und Mathematikgenie lernen sich bei einem Vortrag kennen. Beider Interesse gilt der Entwicklung und dem Aussterben von Arten auf der Erde. Durch das Vorweisen von Gewebeproben von Dinosauriern, die Levin aus Costa Rica hat, gewinnt er Malcolm für eine Expedition in die "vergessene Welt", auf die Insel Sorna.
Zur gleichen Zeit rüstet Lewis Dodgson zu einem ähnlichen Unternehmen. Seine Absichten sind aber nicht biologischer Natur, sondern er will in skrupelloser Art und Weise genetisches Material aus Dinosauriereiern beschaffen. Er will die Genmanipulationen weitertreiben und damit das große Geld machen. Zu seinem Team gehören George Baselton und Howard King.
Levin und Malcolm entwickeln gemeinsam mit Doc Throne, einem Spezialisten auf dem Gebiet der Feldausstattung, die Expeditionsausrüstung: ein Explorer, ein schnelles wendiges Fahrzeug und ein Caravangespann, das zur Forschung dient. Die beiden Kinder Kelly und Arby gehören ebenfalls zum Team. Später stößt die Verhaltesforscherin Sarah Harding, Malcolms Freundin dazu.
Obwohl die Vorbereitungen auf die Expedition noch nicht ganz abgeschlossen sind, reist Levin allein auf die Insel, ohne die anderen zu informieren. Kaum angekommen wird sein einheimischer Begleiter von Dinosauriern gefressen. Inzwischen macht sich Levins restliches Team auf den Weg zur Insel Sorna.
Auch Dodgson und seine Leute brechen zur Insel auf. Sofort gehen sie daran die Dinosauriernester zu plündern. Mit einem technischen Trick gelingt es ihnen die erwachsenen Tiere von ihren Nestern zu vertreiben. Beim Tyrannosauriernest haben sie Schwierigkeiten und Baselton wird zerfleischt. Die beiden anderen, denen die Flucht mit dem Jeep gelingt, werden jedoch durch einen Unfall voneinander getrennt. Dodgson stürzt über eine Klippe und kann sich mit Mühe vor Aasfressern in einen Schuppen retten. King verirrt sich im Dschungel und wird von Raptoren gefressen.
Levin wird von seinen Leuten gefunden und gemeinsam beginnen sie mit ihrer Forschungsarbeit: sie stellen fest, daß die vergesse Welt nur aus genetisch produzierten Dinosauriern besteht. Sie stellen für ihre Beobachtungen einen Hochstand auf und Arby gelingt es sich mit dem Computer in das Videoüberwachungsnetz der Insel einzuklinken. Ihnen fällt auf, daß InGen, die Firma, der ursprünglich das Klonen Dinosaurier gelang, bei der Produktion der Tiere eine zu hohe Sterberate hatte. Die Tiere erreichen auch nicht ihr biologisches Alter und es gibt zu viele Fleischfresser.
Malcolm und Sarah Harding erforschen das Tyrannosauriernest, finden ein Baby, dessen Fuß gebrochen ist und nehmen es mit in den Caravan. Alle kehren zum Hochstand zurück. Nur Malcolm und Sarah, die den Fuß des Babys behandeln, bleiben zurück.
Als die beiden mit ihrer Arbeit fertig sind, kommen plötzlich die Tyrannosauriereltern auf der Suche nach ihrem Baby. Als sie es wiederhaben, greifen sie den Caravan an und schieben ihn in die Richtung einer naheliegenden Schlucht. Beinahe sterben Malcolm und Harding, wenn nicht Throne mit dem Motorrad aufgetaucht wäre. Die Dinosaurier ziehen sich zurück, da sie Gefahr für ihr Baby fürchten. Throne kann seine Gefährten gerade noch aus dem Caravan herausziehen, bevor er in die Tiefe stürzt.
Die drei kehren zum Hochstand zurück, wo sie alle von Raptoren angegriffen werden. Arby wird vom Hochstand geworfen. Er kriecht in einen Käfig, der für Beobachtungen gedacht ist. Der Schlüssel des Käfigs verfängt sich am Maul eines Raptors. Die Raubtiere rollen Arby zu ihrem Nest.
Malcolm, Throne und Levin nehmen die Verfolgung der Raptoren auf, die den Käfig haben. Kelly und Sarah fahren mit dem Motorrad dem Raptor nach, der den Schlüssel zum Käfig hat. Sarah und Kelly können den Raptor töten und den Schlüssel an sich nehmen. Die drei Männer fahren mit Dodgsons Wagen zum Raptorennest, da der Explorer einen Kurzschluß hat. Sie nehmen den Käfig mit und befreien den Jungen.
Nach dieser Jagd fahren alle mit dem Jeep zu dem Hubschrauberlandeplatz, unglücklicherweise geht ihnen aber der Sprit aus. Sie machen bei der Arbeitersiedlung halt. Dort sucht am Abend Throne nach Benzin, kann aber keines finden. Dafür macht er aber eine andere Entdeckung: draußen lauern zwei Carnotaurier, die sich wie Chamäleons an die Umwelt anpassen. Sie verscheuchen sie, indem sie das Licht ein- und ausschalten. Die Dinos haben eine kurze Umstellungszeit und werden so sichtbar, sie flüchten.
Später fährt Sarah mit dem Motorrad zu der Stelle, wo der Explorer steht, um die Sicherungen auszutauschen. Dort trifft sie auf Dodgson. Als ein Tyrannosaurier erscheint, legen sich beide unter das Auto. Um den Angreifer von sich abzulenken, gelingt es Sarah den Widerling Dodgson unter dem Auto hervorzuschieben. Der Tyrannosaurier packt ihn und trottet mit ihm zum Nest, wo er ihn seinen Kindern zum Fraß vorwirft.
Sarah will den startenden Hubschrauber aufhalten, doch sie kommt zu spät.
Bei ihrer Rückkehr in die Hütte werden sie von einem Dutzend Raptoren angegriffen. Dank Kellys Hilfe können sie auf dem Computer ein Bootshaus entdecken und durch einen Kabelschacht aus der Hütte entkommen. Sie finden tatsächlich ein Boot, das auch noch funktioniert.
Auf dem Weg zum Meer diskutieren sie, warum die Dinosaurier nicht ganz auswachsen. Sie sind sich einig, daß InGen die Jungtiere mit Ziegenmilch und die etwas älteren Dinosaurier mit Schafproteinextrakt gefüttert hat. Durch eine verseuchte Lieferung wurden einige Dinosaurier durch Prionen, einem primitiven Virus, angesteckt. Die Krankheit wurde durch die Aas- und Fleischfresser schnell auf der ganzen Insel verbreitet. Durch die von den Viren hervorgerufene zu hohe Todesrate gab es auch zu viele Fleischfresser.
So steueren sie auf Puerto Cortés zu, um nach Hause zu kommen.
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