Die Hornschicht der äußerste Hautschicht (Epidermis) und die Epithelien der verschiedenen Körperhöhlen und Körpertrakte mit ihren Sekreten stellen gewichtige Barrieren für infektiöse Mikroorganismen dar. Von diesen äußeren und inneren Oberflächenepithelien werden unter anderem Säuren gebildet, und Enzyme, wie beispielsweise das Lysozym, welches ein Bakterien tötendes Enzym ist. Es befindet sich in Sekreten und in der Tränenflüssigkeit.
Im Atmungstrakt können sich Mikroorganismen im Schleim verfangen und werden durch Husten und Niesen ausgeschieden. Husten und Niesen dienen allerdings ebenso wirkungsvoll der Verbreitung von Krankheitserregern.
Im Darmtrakt befinden sich viele symbiotische Bakterien, die bei einem menschlichen Organismus keine Krankheit verursacht, aber das Wachstum von Substanzen, die eine Krankheit hervorrufen, behindern, da sie diese in der Nahrungsaufnahme konkurrenziert. Doch kann dieses Gleichgewicht sehr stark durch eine Antibiotika -Therapie aus dem Gleichgewicht gebracht werden, da die normale Darmflora stark geschädigt wird und der Darmtrakt dadurch infektionsanfälliger wird.
Diese Barrieren machen zwar nur in ihrer Gesamtheit das aus, was natürliche Resistenz gegenüber Infektionskrankheiten genannt wird. Natürlich sind sie aber in ihrer Funktion nicht vollkommen und dadurch können Mikroorganismen, die sich so entwickelt haben, dass es vielen unter ihren Vertretern möglich ist, der Zerstörung oder der Entfernung durch physikalische Mittel zu entgehen und diese Körperbarrieren zu überwinden. Am einfachsten dort, wo der Epithelüberzug nicht mehr intakt ist. In all diesen Fällen kommen die Zellen des eigentlichen Immunsystems zum Zug.
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