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In neuerer Zeit kamen weitere Präparate auf den Markt oder wurden erfolgreich erprobt. Dazu zählt der inzwischen an Patienten erfolgreich getestete Wirkstoff PMPA, der Retroviren bereits bekämpft, bevor sie Körperzellen infizieren. Dieser Wirkstoff gehört zur neuen Stoffklasse der Nukleotid-Analoga, er blockiert ein Enzym, auf das die Viren zu ihrer Vermehrung angewiesen sind. Erfolgreich erprobt wurde auch eine Kombination aus den Präparaten Ritonavir, Zidovudin und 3TC. Das Immunsystem blieb bis zu zehn Monate nach der Behandlung auf annähernd normalem Niveau. Mit Zidovudin lässt sich zudem das Risiko einer Übertragung von der Mutter auf das Kind verringern, wenn das Medikament während der Schwangerschaft eingenommen wird (nach Angaben der Vereinten Nationen von 1998 werden in Entwicklungsländern jährlich eine halbe Million Kinder durch ihre Mütter infiziert). Eine Kombinationsbehandlung mit den Präparaten Indinavir, Zidovudin und 3TC hatte bei der großen Mehrzahl der Patienten zur Folge, dass sechs Monate lang keine Viren mehr im Blut nachweisbar waren.
Indinavir verhindert ebenso wie Ritonavir, dass Proteine für die Virushülle zurechtgeschnitten werden: Diese Medikamente blockieren ein dafür benötigtes Enzym, die Protease; sie werden deshalb Protease-Hemmer oder Protease-Inhibitoren genannt. Das Virus kann sich deshalb nur noch unvollständig vermehren und ist nicht mehr infektiös. Ein anderes von den Viren (zur Vervielfältigung ihres Erbmaterials) verwendetes Enzym, die Reverse Transkriptase (siehe Retroviren), hemmen Präparate wie 3TC sowie das 2000 in den USA vorgestellte Tenofovir, die deshalb Reverse-Transkriptase-Hemmer genannt werden; das erfolgreich am Menschen getestete Tenofovir senkte die Virusmenge in klinischen Versuchen um das Siebenfache. In der bislang weltweit größten AIDS-Studie, deren Ergebnisse 1997 vorgelegt wurden, testete man eine weitere Dreierkombination von Medikamenten. Es handelte sich um die Präparate Invirase (ebenfalls ein Protease-Hemmer) sowie Hivid und Zidovudin. Im Vergleich zur Behandlung mit nur zwei Medikamenten verlängerte sich die Überlebenszeit Infizierter um 50 Prozent.
Erfolgreich wurde auch die Dreierkombination aus den Protease- bzw. Reverse-Transkriptase-Hemmern Zidovudin und Dideoxycytosin und Ritonavir getestet. 1998 wurde in Deutschland zudem ein Kombinationspräparat aus Zidovudin und Lamivudin zugelassen. Wissenschaftler der Medizinischen Universitätsklinik Bonn berichteten 2000 im US-amerikanischen Wissenschaftsmagazin AIDS über eine Viererkombination aus Medikamenten, die nur zweimal täglich und nicht (wie andere Kombinationspräparate) exakt zur selben Uhrzeit eingenommen werden muss. Der Erfolg von Kombinationstherapien darf allerdings nicht überschätzt werden: Aus 1997 und 1998 veröffentlichten US-amerikanischen Studien geht hervor, dass Viren bei Kombinationstherapien in einen latenten "Ruhezustand" übergehen, in dem sie dennoch vermehrungsfähig bleiben: Bereits ein Jahr nachdem die Viren unter die Nachweisgrenze gedrückt worden waren, ließen sie sich bei über der Hälfte der Patienten wieder nachweisen; der erneute Virendurchbruch geschah allerdings auf geringem Niveau. Eine Wissenschaftlerin der Johns Hopkins University teilte 1999 in der Fachzeitschrift Nature Science mit, HI-Viren könnten in ruhendem Zustand Jahrzehnte in T-Zellen überdauern. Ein HIV-Infizierter darf die so genannte Hochaktive Anti-Retrovirale Therapie (HAART) also nicht mehr beenden. Darüber hinaus werden zunehmend Virusresistenzen gegen Kombinationspräparate beobachtet. So wurden nach einem 2001 im British Medical Journal erschienenen Bericht bei 10 von 69 britischen Patienten, die noch keine antiretroviralen Medikamente eingenommen hatten, jeweils gegen eine oder gar zwei Klassen solcher Medikamente Resistenzen nachgewiesen. Kombinationspräparate sind somit nicht in der Lage, eine HIV-Infektion zu heilen.
1998 teilten Ärzte der Essener Universitätsklinik mit, sie hätten Patienten zusätzlich zur Standardtherapie mit Interleukin-2 (IL-2) behandelt: Dadurch ließe sich die Immunabwehr deutlich verbessern. Das Mittel wurde zur Verringerung von Nebenwirkungen subkutan (unter die Haut) gespritzt. Mediziner der Universität Würzburg berichteten 2000 über ein Verfahren, mit dem sich die Konzentration von Medikamenten im Blut HIV-Infizierter exakt bestimmen lässt. Dieses Verfahren ist u. a. deswegen zur Optimierung der Therapie Infizierter von Bedeutung, weil zwischen manchen Präparaten Wechselwirkungen auftreten, wodurch die Blutkonzentration sinkt oder sich erhöht. Ein Pharmakologe der Universität Genf berichtete 2001 über die Entdeckung des bislang nur im Labor erprobten Stoffes NU 1320, der als Enzymhemmer hochwirksame antivirale Eigenschaften aufweise, allerdings gegen resistente Viren wenig wirksam sei.
In der Zeitschrift Science wurde 2000 über Versuche an Rhesusaffen berichtet, die mit SI-Viren infiziert worden waren und sechs Wochen nach der Infektion über 21 Wochen mit antiviralen Medikamenten behandelt wurden. Nach einer jeweils dreiwöchigen Therapie erfolgte eine dreiwöchige Medikamentenpause: 41 Tage nach Therapieende waren bei den so behandelten Affen keine SI-Viren mehr nachweisbar, bei einer kontinuierlich (ohne Einnahmepausen) behandelten Vergleichsgruppe war die Zahl der Viren jedoch so hoch wie vor Behandlungsbeginn.
Die Lebenserwartung an AIDS Erkrankter ist in den USA zwischen 1984 und 1997 von elf auf 46 Monate gestiegen. Nachdem Pharmakonzerne 2001 ihre Klage gegen ein südafrikanisches Gesetz zurückgezogen hatten, das die Einfuhr preiswerter AIDS-Medikamente erlaubt, dürfen AIDS-Kranke dort mit so genannten Generika behandelt werden. Bei diesen Arzneien handelt es sich um Nachahmerprodukte, die in ihrer Zusammensetzung den als Markenpräparaten zugelassenen Medikamenten gleichen. Die Vereinten Nationen einigten sich im Juni 2001 auf eine von 180 Staaten unterstützte Erklärung, nach der bis 2003 ein Plan für eine wirksame Strategie gegen AIDS vorgelegt werden soll. Zu diesem Plan gehören Finanzierungskonzepte und Programme zur Senkung von Infektionsraten.
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