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Grundsätzlich unterscheidet man die beiden Großgruppen Niedere und Höhere Pilze. Die Höheren Pilze bilden das Reich der Fungi . Die Niederen Pilze werden zu den Protisten gerechnet. In diesem System sind die vier wichtigsten Abteilungen die Oomycota, Zygomycota, Ascomycota und Basidiomycota. Eine isolierte Gruppe bildet die fünfte Abteilung der Chytridiomyceten, die teils zu den Höheren, teils zu den Niederen Pilzen gerechnet wird. Die Systematik der Niederen Pilze ist am wenigsten geklärt. Neben den Oomycota umfassen sie vor allem die Schleimpilze und viele weitere, kleine Gruppen. Die sechste der Hauptabteilungen ist eine künstliche Gruppe namens Deuteromycota oder Fungi imperfecti.
Oomycota:
Die Abteilung dieser Eipilze gehört zu den Niederen Pilzen und umfaßt etwa 600 Arten. Ein deutliches Kennzeichen dieser Pilze ist das relativ hohe Vorkommen von Cellulose in den Zellwänden, sowie das Auftreten von Zoosporen und Oosporen. Die Oomycota umfassen eine Klasse mit vier Ordnungen. Die ersten drei Ordnungen sind wasserlebende Formen, wie z.B. die Wasserschimmelpilze, die vierte Ordnung sind landlebende Pflanzenparasiten, die Falschen Mehltaupilze.
Zygomycota:
Diese Abteilung macht die einfachste Gruppe unter den Höheren Pilzen aus und umfaßt etwa 650 Arten. Die Jochpilze, die die Abteilung der Zygomycota bilden, weisen ein typisches Merkmal auf. Ihnen fehlen weitgehend die Querwände in den Hyphen, die dadurch mehrkernig sind. Die Ordnung der Köpfchenschimmelpilze (mucorales) ist die wohl bekannteste. Zu ihnen gehören z.B. die Schimmelpilze, die auf altem Brot, Früchten und anderen Nahrungsmitteln zu finden sind.
Ascomycota:
Diese Schlauchpilze bilden ihre Sporen in einem schlauchartigen Behälter namens Ascus. Mit Ausnahme einiger Hefepilze, die ebenfalls zu dieser Ordnung gehören, haben diese Pilze gut entwickelte Hyphen mit einem einzigen Zellkern pro Zelle. Kurz vor Bildung der Asci findet in bestimmten Zellen eine Kernteilung statt, so daß diese zwei Zellkerne aufweisen. Insgesamt gehören etwa ein Drittel aller bekannten Pilze zu den Ascomyceten, ebenso wie die Flechten bildenden Pilze und ein Großteil der Fungi imperfecti. Die Hefepilze bilden eine der Hauptklassen der Ascomycota.
Basidiomycota:
Diese Abteilung der Ständerpilze umfaßt etwa ein Drittel aller bekannten Pilze. Dazu gehören auch alle Speise- und Giftpilze, die saprophytisch (vom toten oder zerfallendem Material) leben. Die Ständerpilze umfassen außerdem viele wirtschaftlich wichtige Pflanzenparasiten wie die Brandpilze und die Rostpilze, sowie viele Arten, die an der Mykorrhiza-Bildung beteiligt sind. Die größte Gruppe bilden die Homobasidiomycetidae, die in drei weitere Hauptgruppen unterteilt werden können. Erstens die so genannten Nichtblätterpilze, zu denen z.B. die Porlinge gehören, zweitens die Gruppe der Blätterpilze, z.B. Champignons bzw. Egerlinge und drittens die Gruppe der so genannten Bauchpilze, wie z.B. die Erdsterne und die Stinkmorcheln.
Chytridiomycota:
Diese Flagellenpilze bilden eine eigene Abteilung innerhalb der Niederen Pilze, die etwa 500 bis 600 Arten umfaßt. Es handelt sich meist um einzellige Organismen, die häufig keine Hyphen ausbilden. Sie kommen hauptsächlich in Süßwasser, aber auch in Schlamm und Salzwasser vor. Dort leben sie vorwiegend als Saprophyten im Boden, oder als Parasiten auf Algen. Die Abteilung umfaßt nur eine einzige Klasse, die Chytridiomycetes, die vier Ordnungen enthält.
Fungi imperfecti:
Bei dieser Abteilung der Unvollkommenen Pilze handelt es sich um eine künstliche Einteilung. Bei der Mehrzahl dieser Pilze handelt es sich um Schlauchpilze. Es können aber auch vereinzelt Ständer- und Jochpilze auftreten. Da diese Pilzgruppe viele Krankheitserreger an Pflanzen und Tieren enthält, ist sie wirtschaftlich und medizinisch äußerst wichtig. Zu ihnen gehören so bekannte Formen wie der Gießkannenschimmel, der Atemwegserkrankungen verursacht, die zu der gefürchteten Lebensmittelvergiftung führen. Auch der Penicillium, aus dem man das Antibiotikum Penicillin gewinnt gehört zu der Gruppe der Unvollkommenen Pilze.
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