Im Rahmen der großen Pestepidemie wurden die Juden im Jahre 1348 und 1349 der Brunnenvergiftung und des Ritualmordes bezichtigt. Viele wurden deshalb hingerichtet. Ein Gesetz verbot den Vertriebenen die Rückkehr nach Zürich.
In Zürich waren die Juden die einzige Randgruppe, die in einer selbständigen Kultur verwurzelt waren. Sie unterhielten Synagogen und Rabbiner. Die Stadt schloß für ansässige Juden Verträge ab, die ihren Aufenthalt und ihrer Steuerpflicht regelten. Sie dürften nur den Beruf des Geldverleihers annehmen, da sie nicht in Zünfte aufgenommen wurden.
Im Jahr 1348 entlud sich der Judenhass offene Gewalt, da sich das Gerücht verbreitete, die Juden hätten die Brunnen vergiftet, um durch die Pest die Christen auszurotten. Dies führte am 21. September1348 zu ersten historisch gesicherten Judenverfolgung in Zürich. Sie wurden durch Folter zu einem Geständnis gezwungen und dann auf dem Scheiterhaufen verbrannt. Am 22. Februar 1349 wurde den Juden Ritualmorde vorgeworfen, was zu einer zweiten Verfolgungswelle führte.
Die Juden wurden bis zum Erlangen der bürgerlichen Rechte im Jahre 1866 in der Schweiz diskriminiert und auch immer wieder verfolgt.
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