Trotz der Kriegszerstörungen konnte schon am 6. Juni 1945 der elektrische Zugbetrieb eingleisig und mit nur einem Zugpaar morgens und abends zwischen Zehlendorf und Schöneberg wiederaufgenommen werden. Ab 21. Juli 1945 kam es zum ersten regelmäßigen S-Bahn Betrieb mit 12 Zugpaaren täglich zwischen Wannsee und Großgörschenstraße über Zehlendorf und Schöneberg.
Bis zum Ende des Jahres 1945 gelang es, den größten und wichtigsten Teil des Netzes, zum Teil eingleisig, unter großen Schwierigkeiten wieder in Betrieb zu nehmen, ausgenommen die Nord-Süd-S-Bahn und die Strecken Ostkreuz-Treptower Park und Berlin Potsdamer Fernbahnhof-Zehlendorf. Und aus der anfänglichen 60-Minuten Zugfolge wurde auf Ring- und Stadtbahn langsam wieder ein 10-Minuten-Betrieb.
Da der Nord-Süd-S-Bahn-Tunnel durch die Sprengung unter dem Landwehrkanal am 2. Mai 1945 um 7.55 Uhr zum Teil unter Wasser stand und nicht mehr befahren werden konnte, wurden im oberirdischen Stettiner Fernbahnhof und Potsdamer Ringbahnhof eine oberirdische Umleitung eingerichtet.
Obwohl dieser Tunnel im 2. Weltkrieg Tausende von Berlinern eine Zuflucht gab, barg man etwa 90 Leichen als der Tunnel im November 1945 leergepumpt wurde. Andere Opfer waren auch die hier, zum Schutz vor den Bomben und Luftangriffen, abgestellten S-Bahnwagen.
Trotz der erheblichen Schwierigkeiten beim Wiederaufbau konnte der Nord-Südbahntunnel am 31. Januar 1946 wieder befahren werden, aber erst am 16. November 1947 konnte der Tunnel wieder in seiner vollen Länge in Betrieb genommen werden.
Der Wiederaufbau der Strecke Ostkreuz-Erkener wurde im November 1948 abgeschlossen.
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