1386 heiratete Jagiello von Litauen, nachdem er sich und das ganze litauische Volk hatte taufen lassen, die Thronerbin von Polen Jadwiga. Die beiden Staaten bildeten nun eine Personalunion und stellten nun für den Orden eine neue Bedrohung dar. 1410 griff das polnisch-litauische Reich den Deutschen Orden an und es kam am 15. Juli 1410 zur Schlacht von Tannenberg. In dieser Schlacht erlitt der Deutsche Orden durch taktische Fehler eine große Niederlage und 100 000 Mann starben, darunter auch der Hochmeister Ulrich von Jungingen. Die Polen zogen weiter und belagerten die Marienburg, die aber gut vorbereitet war und den Angriffen standhalten konnte.
1411 kam es zum ersten Thorner Frieden, bei dem der Orden nur sehr wenig Land abtreten mußte, dafür aber sehr viel Geld. Es kam zu einem Aufstand und der Hochmeister Heinrich Reuß von Plauen wurde abgesetzt und Michael Küchmeister von Sternberg, der davor Ordensmarschall gewesen war, wurde neu gewählt. Heinrich wurde zuerst Komtur einer kleineren Burg und danach 15 Jahre lang wegen angeblichen Landesverrates eingesperrt.
Litauen wollte wieder unabhängig werden und 1431 kam es zu einem Bündnis zwischen dem Hochmeister und dem littauischen Großfürsten. Gemeinsam eröffneten sie den Krieg gegen Polen, der aber keine Erfolge brachte, weil dem Orden die Unterstützung des eigenen Volkes fehlte. 1440 bildete sich zwischen den Städten und Teilen des Adels der Preußische Bund, der die Rechte dieser schützen sollte. Er arbeitete gegen den Orden und wurde 1453 vom Kaiser verboten. Das führte zu einem offenen Aufstand und nach kurzer Zeit fielen 56 Burgen, darunter Thorn, Danzig, Elbing und Königsberg. Nur Marienburg und Konitz konnten gehalten werden.
Der Preußische Bund bot sogar dem König von Polen die Krone von Preußen an, was dieser sofort annahm. Er setzte Hans von Baysen, der den Preußischen Bund geführt hatte, als Statthalter ein. Dieser teilte das preußische Staatsgebiet in vier Palatinate ein: Thorn, Elbing, Danzig und Königsberg. Der Orden erhielt keine Unterstützung, weder vom Papst noch vom Kaiser, weil diese ihm selben Jahr durch die Eroberung Konstantinopels und dem Untergang des weströmischen Reiches abgelenkt waren. Doch der Orden besaß noch die beiden Burgen, Livland und einige andere Randgebiete, unter anderem Neumark. Der Orden hatte dieses Gebiet ja 52 Jahre davor als Pfand bekommen und jetzt löste der Kurfürst Friedrich II. von Brandenburg das Pfand ein, wodurch die Kriegskasse des Ordens stark gefüllt wurde. Es begann ein Krieg, der 13 Jahre dauern sollte. Den ersten Erfolg konnte der Orden bei der Schlacht von Konitz verbuchen. Doch der Orden konnte seine Söldner bald nicht mehr bezahlen und mußte 1456 sogar die Marienburg verpfänden. Die Söldner verkauften diese an Polen und am 8. Juni 1457 marschierte der polnische König Kasimir IV. in der Marienburg ein. Der Hochmeister konnte nach Königsberg fliehen und führte von dort aus den Krieg weiter. 1456 verlor der Orden die Feldschlacht bei Czarnowitz, konnte jedoch den östliche Teil des Landes erfolgreich verteidigen.
1466 wurde der zweite Thorner Friede geschlossen, bei dem der Orden den westliche Teil des Landes abtreten, sich unter die Schutzherrschaft des polnischen Königs stellen und ihm militärische Hilfe geben mußte. Damit wurde das ehemalige Ordensreich in zwei Hälften aufgeteilt, das westliche wurde direkt dem polnischen König unterstellt, das östliche wurde eine Art Lehen, das noch vom Deutschen Orden verwaltet werden durfte. Livland und die Besitzungen im Reich blieben unter der direkten Verwaltung des Ordens.
Es folgten einige Hochmeister, die versuchten, den Orden wieder aufzubauen. Als Wilhelm von Isenburg zum Großmeister gewählt werden sollte, verzichtete er zu Gunsten des Herzogs Friedrich von Sachsen, der 1498 zum Hochmeister bestimmt wurde. Der Orden wollte einen Prinzen aus einem regierenden Fürstenhaus zum Hochmeister haben. Nachdem Friedrich 1510 starb, suchte sich der Orden als nächsten Hochmeister Albrecht von Hohenzollern, Markgraf von Brandenburg-Ansbach aus. Er stammte aus Brandenburg, aus der Familie der Hohenzollern, die den Orden sehr oft unterstützt hatten. Er weigerte sich lange, den Treueid für den polnischen König zu leisten. 1520 marschierte er in Polen ein, erreichte aber nicht viel und es kam schon 1521 zu einem Waffenstillstand. Als Hochmeister wollte er mehr Macht über den Deutschmeister ausüben, der mittlerweile ziemlich unabhängig geworden war, mußte aber 1524 eine einen Vertrag unterschreiben, in dem der Deutschmeister für unabhängig vom Hochmeister erklärt wurde.
Durch die Reformation traten bis 1523 viele Bischöfe im Ordensgebiet zum evangelischen Glauben über und reformierten alle Einwohner. 1525 wurde der Rest des Ordensstaates schließlich in ein Fürstentum umgewandelt, das ein Lehen des polnischen Königs war. Der erste Fürst wurde Albrecht von Hohenzollern, der aber dem polnischen König direkt unterstellt war.
Livland blieb noch bis 1561 unter dem Landmeister selbstständig, dann wurde es von Rußland besiegt und es unterstellte sich Polen, um Hilfe zu erhalten. Damit hörte der Deutsche Orden in Preußen zu existieren auf.
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