Die politischen Ereignisse führten im August 1961 auch zu einer Trennung des S-Bahn Netzes. Im Westteil der Stadt entstand ein vom restlichen Netz vollkommen isolierter Inselbetrieb, sämtliche über die Grenzen der Westsektoren führenden Strecken wurden bis auf eine Überführungsmöglichkeit für S-Bahn-Fahrzeuge am Bahnhof Friedrichstraße unterbrochen. Noch wurde der elektrische Betrieb bis auf zwei Ausnahmen (Velten - Hennigsdorf und Oranienburg - Hohen Neuendorf) auf allen an West-Berlin anstoßenden Vorortstrecken eingestellt und die über die Grenzen führenden Gleise zum Teil abgebaut.
In den ersten Tagen nach der Absperrung begannen die Fahrgastzahlen zu sinken, aber die einzige Strecke nach Ostberlin war ungewöhnlich voll, solange die Bürger Westberlins die andere Stadt noch betreten durften.
Der Bahnhof Friedrichstraße wurde zum östlichen Endpunkt des westlichen Teiles und westlicher Endpunkt des östlichen Abschnittes der Stadtbahn ; die S-Bahn-Gleise endeten an verschiedenen Bahnsteigen und hatten keine Berührung miteinander, sie waren auch mit Sichtblenden getrennt. Das war auch der Bahnhof, wo die Fahrgäste der Nord-Südstrecke umsteigen mußten um wieder nach Westberlin zu kommen.
Auf der Nord-Süd-S-Bahn wurden die Bahnhöfe Potsdamer Platz, Unter den Linden, Oranienburger Straße, Nordbahnhof (Stettiner Bahnhof) und der Bahnhof Bornholmer Straße geschlossen, die Züge fuhren ohne Halt durch.
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