Am 17. Juli 1968 war Hussein maßgeblich am erfolgreichen zweiten Umsturzversuch seiner Partei beteiligt und übernahm in der Folge unter dem neuen Staatschef und Baath-Generalsekretär Ahmed Hassan al-Bakr das Amt des stellvertretenden Generalsekretärs sowie im Dezember 1968 das des Vizepräsidenten des Revolutionären Kommandorates, der über uneingeschränkte gesetzgebende und exekutive Befugnisse verfügte. Nach parteiinternen Auseinandersetzungen, die zugunsten seines, des militärischen Flügels endeten, war Hussein Anfang der siebziger Jahre unangefochten der mächtigste Mann in Partei und Staat hinter al-Bakr. 1976 ließ er sich zudem ohne jegliche militärische Laufbahn zum General ernennen. Nach dem Rücktritt al-Bakrs am 16. Juli 1979 wurde Hussein dessen Nachfolger als Staats- und Regierungschef sowie Generalsekretär der Baath-Partei und übernahm den Oberbefehl über die Streitkräfte.
Unmittelbar nach seiner Machtübernahme "säuberte" Hussein Partei und Regierung unter dem Vorwurf des Putschversuchs von missliebigen Personen, beförderte Mitglieder seines Familienclans in einflussreiche Positionen und baute einen repressiven Überwachungsstaat auf, in dem jede Art von Opposition mit Gewalt unterdrückt wurde. Dabei ging er auch wiederholt mit äußerster Härte gegen Schiiten und Kurden vor (so z. B. Giftgaseinsätze 1988 und 1991). Auf der anderen Seite florierte dank der Erdölexporte die Wirtschaft, und da die Erdölindustrie seit 1972 größtenteils verstaatlicht war, kam das Wirtschaftswachstum auch der breiten Bevölkerung zugute. Dies sowie eine Reihe von Reformen wie etwa die berufliche Gleichstellung der Frauen verschaffte dem Regime breite Zustimmung; die Parlamentswahlen von 1980 gewann die Baath-Partei dementsprechend deutlich. 1982 löste Hussein den Revolutionären Kommandorat auf und ersetzte ihn durch den Kommandorat der Revolution, in dem er selbst den Vorsitz führte.
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