Erster Teil:
Jean-Baptiste Grenouille wird am 17.7.1738 am allerstinkendsten Ort des Königreiches Frankreich, dem Cimetiere des Innocents in Paris, am Verkaufsstand seiner Mutter, einer ledigen Fischhändlerin geboren, Grenouille ist von Geburt an mit einem besonders hoch entwickelten Geruchssinn ausgestattet, er hat jedoch keinen Eigengeruch. Der Versuch seiner Mutter, Grenouille, wie schon andere ihrer Kinder vorher, zwischen den Fischresten sterben zu lassen, scheitert. Wegen mehrfachen Mordes wird die Mutter hingerichtet.
Grenouille wird von Amts wegen in die Obhut einer Amme gegeben.
Seine ersten Lebenswochen verbringt Grenouille bei verschiedenen Ammen, bis er schließlich in die Obhut von Madame Gaillard kommt, einer gefühllosen Frau ohne Geruchssinn. Sein fehlender Eigengeruch fällt ihr nicht auf. Mordanschläge seiner Mitzöglinge, die ihn wegen seiner Zurückgezogenheit und seines seltsamen Äußeren hassen, übersteht er ebenso wie mehrere Krankheiten und Unglücksfälle. Grenouille ist genügsam wie ein Zeck, lernt nur unzureichend die menschliche Sprache, beginnt aber damit, seine Umgebung geruchlich zu erfassen und die gesammelten Gerüche in seinem Gedächtnis zu speichern.
Als Grenouille acht Jahre alt ist, verkauft Madame Gaillard den ihr anvertrauten Jungen an den Gerber Grimal, bei dem er unter unmenschlichen Bedingungen arbeiten und leben muss. Grenouille übersteht die tödliche Gerberkrankheit Milzbrand und wird für Grimal ein wertvoller Mitarbeiter. Die ihm allmählich gewährten Freiräume nutzt Grenouille, um Paris olfaktorisch zu erkunden. Er sammelt, ohne jedes Prinzip, alle Gerüche, spaltet sie in einzelne Komponenten auf, speichert diese, kombiniert neue Düfte und zerstört sie wieder.
Am 1. September 1753 steigt Grenouille ein besonders feiner Geruch in die Nase. Besessen von dem Wunsch diesen Geruch zu besitzen, verfolgt er ihn zu seinem Ausgangspunkt, einem jungen Mädchen, das noch unberührt ist. Grenouille tötet das Mädchen und saugt ihren Geruch in sich hinein. Dank dieses Geruchs ist er in der Lage, die bisher gesammelten Gerüche systematisch zu ordnen und planvoll Geruchskombinationen zu entwickeln. Grenouille erkennt seine Bestimmung und hat nun ein Ziel vor den Augen: er will ein Schöpfer von Düften sein, er will der größte Parfumeur aller Zeiten werden. Moralische Skrupel wegen der Ermordung des Mädchens hat er nicht, denn das Wertvollste von ihr, ihren Duft, bewahrt er in seinem Gedächtnis.
Eines Tages wird Grenouille mit einem Auftrag Grimals zum Parfumeur Baldini geschickt, der sich gerade entschlossen hat, sein immer schlechter gehendes Geschäft aufzugeben. Durch eine Demonstration seiner Fähigkeiten, Gerüche zu erkennen und zu neuen Düften zu kombinieren, überzeugt er Baldini davon, ihn als Lehrling anzustellen. Baldini ändert seine Pläne, und kauft Grimal den Jungen ab.
Grenouille produziert Unmengen von Düften für Baldini, während Jean von Baldini die handwerklichen Techniken sowie die Sprache der Parfumeure erlernt. Baldini steigt zum größten Parfumeur Frankreichs auf. Als Grenouilles Versuche scheitern, bestimmten Stoffen ihre Gerüche zu rauben, wird er sterbenskrank. Erst als ihm Baldini zusagt, ihm zum Gesellenbrief zu verhelfen, und ihm Grasse als den Ort nennt, and dem andere Techniken der Duftgewinnung praktiziert werden, bessert sich sein Zustand.
Zweiter Teil:
Nach Erhalt des Gesellenbriefs bricht Grenouille nach Grasse auf. Auf dem Weg dorthin wird ihm der Menschengeruch so sehr zuwider, dass er sich zum menschenfernsten Punkt Frankreichs, einem Vulkan im Zentralmassiv, zurückzieht. Dort lebt er, glücklich über seine Einsamkeit und sich, in einer Höhle. Er ernährt sich über sieben Jahre von Moos, Wasser und kleinen Tieren. Er träumt von sich als göttlichen Weltenerzeuger und rächendem Weltenzerstörer und bringt sich in Rauschzustände, indem er sich mit seinen gesammelten Geruchserinnerungen betrinkt. Erst die im Traum hervorgerufene Erkenntnis von seinem fehlenden Eigengeruch stürzt Grenouille in eine innere Katastrophe. Er verlässt die Höhle.
In seinem verwilderten Zustand gelangt Grenouille zum Marquis de la Taillade-Espinasse, der ihn als lebenden Beweis für die von ihm entwickelte Theorie vom "fluidum letale" betrachtet. Der Marquis unterzieht Grenouille einer Kur, lässt ihn herausputzen, und führt Grenouille einer Gelehrtenversammlung als Demonstrationsobjekt vor.
Grenouille mischt sich aus verschiedenen vorgefundenen Ingredienzien einen Menschengeruch, dessen Wirkung er erfolgreich erprobt. Zum ersten Mal wird er von den Menschen als ihresgleichen akzeptiert. Grenouille fasst den Entschluss, Menschen zu beherrschen und sie durch ein Parfüm dazu zu bringen, ihn zu lieben.
Dritter Teil:
Von Montpellier aus zieht Grenouille nach Grasse weiter. Dort weht ihm der Wind einen mörderisch guten Geruch zu. Wie schon einmal in Paris, verfolgt er diesen Geruch, der von einer Jungfrau ausgeht. Doch diesmal tötet er das Mädchen nicht, sondern gibt ihr zwei Jahre Zeit, damit sich ihr Duft voll entfaltet kann. Diese zwei Jahre des Wartens nutzt Grenouille, den Dingen ihren Geruch zu entreißen. Er stellt sich verschiedene Eigengerüche her, die er in unterschiedlichen sozialen Situationen verwendet. Gleichzeitig verfeinert er sein handwerkliches Geschick, bis er feststellt, welche Methode die beste ist, um einem Lebewesen den Duft zu entreißen.
Von der Angst gepackt, den Duft des Mädchens einmal verlieren zu müssen, wenn das daraus hergestellte Parfüm verbraucht ist, entschließt sich Grenouille, den Duft des Mädchens als kostbarsten Edelstein in ein Duftdiadem einzubauen. Die Basis für dieses Duftdiadem liefern ihm 24 unberührte Mädchen, die er in der folgenden Zeit tötet, um ihren Duft zu ernten.
Die aufgrund der Morde in der Bevölkerung entstandene Unruhe legt sich, als nach einem Bittgottesdienst die Mordserie ein Ende findet.
Nur ein Bürger von Grasse, Antoine Richis, der Vater des Mädchens, ahnt, dass nicht der Bittgottesdienst der Grund für das Ende der Mordserie ist. Richis durchschaut das System der Morde, wenn auch nicht das Motiv, und er erkennt, dass seine Tochter Laure das nächste Opfer sein wird. Er bringt Laure deshalb aus der Stadt, um sie zu verheiraten und dadurch für den Mörder wertlos zu machen.
Doch Grenouille bemerkt das Fehlen von Laures Geruch in der Stadt und verfolgt Vater und Tochter. Er ermordet Laure in dem Gasthauszimmer, in dem ihr Vater sie untergebracht hat, enfleuriert sie und kehrt nach Grasse zurück.
Aufgrund der polizeilichen Ermittlungen wird Grenouille verhaftet. Er gesteht die Tat, sagt aber, trotz Folter, nichts über seine Motive und wird zu einem grausamen Tod verurteilt.
Seine Hinrichtung wird vorbereitet wie ein Volksfest. Als Grenouille am Tag der Hinrichtung vor die Menschen tritt - sein Parfüm aus den Mädchendüften hat er fertiggestellt und mit einigen Tropfen davon hat er sich besprenkelt - glaubt niemand mehr, dass er der Mörder sein könne. Die Mensche lieben ihn plötzlich, die geplante Hinrichtung entwickelt sich zu einer Massenorgie.
Diesen Triumph kann Grenouille jedoch nicht genießen. Er ekelt sich vor den Menschen, hasst sie und möchte einen Widerhall dieses Hasses spüren. Doch genau dies vereitelt sein Parfüm.
Als Grenouille Antoine Richis auf sich zukommen sieht, hofft er erleichtert, dass dieser ihn töten wird und ihn dadurch erlöst. Doch Richis umarmt Grenouille und bittet ihn um Verzeihung. Grenouille fällt in eine Ohnmacht. Er erwacht im Bett Laures, und Antoine Richis bittet Grenouille, sein Adoptivsohn zu werden und den Platz seiner Tochter einzunehmen. Wenig später verlässt Grenouille Grasse.
Vierter Teil:
Grenouille kehrt nach Paris zurück, zur Stätte seiner Geburt. Dort versammeln sich nachts Diebe, Mörder und Messerstecher. Als Grenouille, der sich mit seinem Parfüm übergossen hat, in ihre Mitte tritt, erscheint er dem Gesindel plötzlich wie ein Engel.
In einem kannibalischen Akt stürzt es sich auf Grenouille, zerhackt ihn in Teile und frisst ihn auf. Grenouille ist vom Erdboden verschwunden.
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