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Nachdem man nun etwas Information über die Enzyme erfahren hat könnte man auf die Idee kommen, dass Enzyme aufgrund der gentechnischen Veränderung auch gefährlich werden könnten. Doch diese Annahme ist nicht zu vertreten. Mithilfe von technischen Standards bei der Produktion und geeigneten Testverfahren für die Enzymprodukte kann ein hohes Sicherheitsniveau erreicht werden. Nachdem die Mikroorganismen die gewünschten Enzyme ausgeschüttet haben, werden sie isoliert und mehrfach gereinigt. Die fertigen Enzym-Präparate sind von hoher Reinheit. Denkbar ist, dass im Verlauf der gentechnischen Manipulation eine Veränderung der Enzymstruktur entstehen könnte.
Um dieses Risiko auszuschließen, testen viele Unternehmen die Enzympräparate in Tierversuchen. Häufig wird befürchtet, dass mit einem vermehrten Einsatz von Enzymen Allergien zunehmen könnten. Grundsätzlich können alle Proteine - und damit auch jedes Enzym - eine allergische Überreaktion des Immunsystems auslösen. Diese zeigt sich jedoch erst, wenn ein bestimmtes Protein auf Personen mit entsprechender Empfindlichkeit trifft. Die meisten Enzyme in Lebensmitteln werden zudem bereits bei der Zubereitung ( beim Backen beispielsweise) umgesetzt und gehen nicht in das Lebensmittel über. Für die Umwelt sind Enzyme nicht gefährlich, da sie biologisch abbaubar sind.
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