Linux unterstützt auch mehrere Windowing (Fenster-basierte)-Systeme, von denen das populärste das X Win¬dow System (kurz X) vom MIT (Massachusetts Institute of Technology) ist.
Im Jahre 1984 gründeten Forscher am MIT das Projekt Athena, dessen Hintergrund die Entwicklung einer grafi¬schen Schnittstelle war, die auf Workstations oder in Netzwerken unterschiedlicher Art laufen würde. In frühen Phasen der Forschung zu X wurde sofort klar, daß X Hardware-unabhängig sein müsse, um diese Aufgabe zu erfüllen. Ebenso mußte es transparenten Netzwerkzugang zur Verfügung stellen. Daher wurde X nicht nur als ein Window-System, sondern auch als ein auf das Client-/Server-Modell basierendes Netzwerkprotokoll entwickelt.
X wurde von Robert Scheifler und Ron Newman, beide vom MIT, und Jim Gettys von DEC entwickelt. X unter¬scheidet sich erheblich von anderen Windowing-Systemen (z.B. Microsoft Windows), auch in Hinsicht auf das Anwender-Interface. Dieser Unterschied basiert hauptsächlich auf einem Konzept, das als "Werkzeugbank"- oder "Werkzeugkasten"-Funktion bezeichnet wird. Das heißt, X läßt Sie jeden Aspekt seines Verhaltens durch ein umfangreiches Sortiment von Programmierhilfen kontrollieren.
Generell stellt X hochauflösende Grafiken über Netzwerkverbindungen mit hoher Geschwindigkeit und hohem Durchsatz zur Verfügung. Kurz, X baut auf die modernste zur Zeit verfügbare Window-Technologie auf. Einige Anwender werten die Komplexität von X als einen Nachteil und haben wahrscheinlich recht. Es gibt einfach so viele Optionen, von denen der normale Anwender sehr schnell überwältigt werden kann.
Mit Microsoft Windows vertraute Anwender werden die Arbeitsweise von X besser verstehen, wenn Sie sie mit der Beziehung zwischen DOS und Microsoft Windows 3.11 vergleichen. Das grundliegende Linux-System ist als Befehlszeilen-Interface immer vorhanden und bleibt aktiv und zugänglich, auch wenn der Anwender die X-Umgebung benutzt. X läuft insofern über dem zugrundeliegenden Linux-System. In der X-Umgebung kann ein Anwender über ein Shell-Fenster auf das Linux-Befehlszeilen-Interface zugreifen. (Dies scheint zumindest ebenso zu funktionieren wie in Microsoft Windows, in dem ein MS-DOS-Eingabefenster verfügbar ist.) Von diesem Shell-Fenster aus kann der Anwender Befehle ausführen und den Arbeitsablauf von Systemprozessen beobachten.
X ermöglicht den Benutzern einer ganzen Reihe von Window-Managern. Jeder dieser Manager schaut anders aus und wirkt anders. Einige (wie twm) wirken recht nackt und technisch, während andere durchaus attraktiv und sehr modern sind. Es gibt sogar einen X-Window-Manager, der dem Windows-95-Look nacheifert. Andere Plattformen werden ebenso nachgebildet, z.B. das NeXT Window System und das Amiga Workbench-System.
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