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Wie schon mehrfach erwähnt werden in Java Klassen unter ihrem Realnamen abgelegt. Dadurch muß man beachten, daß ein File mit dem Namen test.java nach der Compilierung unter Umständen mehrere Files erzeugt die zum Beispiel klasse1.class, klasse2.class etc. heißen. Zum Auffinden der Klassen wird vom ClassLoader der Klassen eine bestimmte Strategie verfolgt (wie Eingangs erwähnt kann der ClassLoader auch überladen werden und dadurch sein Verhalten verändert werden). Klassen werden zu sogenannten Packages zusammengefaßt. Bestes Beispiel sind die standard Librarys deren Namen alle mit dem Prefix java. beginnen. Um den Anspruch an die Dateisysteme nicht übergebühr zu erhöhen wird zum Beispiel für die Klasse java.awt.list der Filenamen list.class Verzeichnis .\\java\\awt\\ verwendet.
Inzwischen ist man dazu übergegangen die kompletten Librarys in einem Archiv zu speichern (CLASSES.ZIP). Dieses File darf bei der Installation von Java keinesfalls ausgepackt werden.
Zur Benennung von Klassen die (Inter-) Netz weit bekannt sein sollen, gilt die Konvention als Prefix der Klassen den eigenen URL zu verwenden (dadurch wäre es mit einem geeigneten ClassLoader möglich Klassen automatisch in der aktuellsten verfügbaren Version vom durch den URL zu identifizierenden Server zu Laden). Die Problematik der unter Umständen recht langen Klassennamen (de.fh-furtwangen.ask.katze.libs.car.class) wird derzeit heftig diskutiert und ist auch reichlich umstritten.
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