Durch die Schwächung der Zentralgewalt durch die shoen, die Abschwächung der kanpaku-Familie Fujiwara und der tenno-Familie und der Abhängigkeit von den zwei mächtigen Kriegerfamilien, den Taira und den Minamoto, führte zu kriegerischen Auseinandersetzungen die im Jahr 1156 beim Hogen-Konflikt ihren Höhepunkt fand. Als Sieger dieser Auseinandersetzung gingen die Taira hervor. Taira Kyamori, das Oberhaupt der Taira-Sippe, machte es den Fujiwara nach und ging sofort daran, seine Machtstellung auszubauen, indem er eine Heiratspolitk mit der tenno-Familie betrieb und seine Familienmitglieder in hohe Posten der Zentralregierung einsetzte. Kyamori sorgte aber auch überdies für die wirtschaftliche Machtbasis und erwarb große shoen-Besitzungen. Im Jahr 1180 wurde Kyamoris Enkel auf den Thron gesetzt.
Aber die Kontrahenten der Taira, die Minamoto, blieben nicht untätig. Kyamori hatte nach dem Sieg über die Minamoto das Oberhaupt Yoshitomo ermordet, aber dessen Söhne am Leben gelassen. 1180 marschierte der Sohn Yoritomo aus der Provinz Izu nach Westjapan. Nach einem fünfjährigen Krieg flüchtete die Taira-Familie zur Insel Shikoku, wobei sie den Kindkaiser Atoku mitnahmen. Nach der Vertreibung aus Shikoku vom Halbbruder Yoritomos Yoshitsune kam es 1185 zur entscheidenden Seeschlacht von Dannoura. Als Sieger traten die Minamoto hervor, der achtjährige Kaiser ertrank während der Schlacht und das Familienoberhaupt der Taira wurde enthauptet.
Da die Minamoto nicht denselben Fehler machen wollten sich vom Leben am Hof verweichlichen zu lassen, verlegten sie ihren Sitz nach Kamakura, ein kleines Fischerdorf in der Nähe des heutigen Tokyo. Yoritomo errichtete eine neue Regierung, das sogenannte bakufu, eine Militärregierung. Das bakufu war äußerst einfach konzipiert. Es bestand nur aus drei Ämtern, einem für die Vasallen der Minamoto, einem für Verwaltungsfragen und einem Gerichtshof, wobei Yoritomo immer die letzte Entscheidungsgewalt inne hatte. Neben dem bakufu gab es trotzdem weiter die insei, die Regierung der Exkaiser, und das kanpaku, die Regenten selbst, die aber nur mehr dem Namen nach existierten. Yoritomo ließ sich alle seine Entscheidungen von den Exkaisern bestätigen.
Der eigentliche Volksheld Yoshitsune, über den zahlreiche Legenden existieren, wurde aufgrund der wachsenden Macht am Hofe von seinem Bruder als Unruhestifter gefürchtet. Yoritomo gibt daher den Auftrag seinen Bruder zu ermorden, der dann nach langer Flucht, von einer Überzahl gestellt wird und Selbstmord begeht. Anstatt den Herrn von Hiraizumi zu belohnen läßt Yoritomo Hirazumi vollständig zerstören.
Nachdem Yoritomo alle seine Widersacher beseitigt hatte, ließ er sich vom tenno 1192 den Titel shogun verleihen. Bis ins 19. Jahrhundert ließen sich alle Regenten diesen Titel verleihen. Um seine Gegner besser kontrollieren zu können setzte er Verwaltungsbeamte (jito) ein. Da die jito die Länderein verwaltet haben, die Steuern eingetrieben und die richterliche Gewalt ausgeübt haben, wurden in der Folgezeit viele jito echte Grundbesitzer. Über den jito wurden Aufsichtsbeamte eingesetzt, sogenannte shugo. Die shugo übernahmen alle Funktionen der Provinzgouverneure und lösten diese ab. Nach dem Tod von Yoritomo 1199 übernahm sein Sohn Yoriie den shogun-Titel, die Regierungsgewalt übernahm jedoch seine Frau Hojo Masako. Hojo Masako setzte sich stark für die Frauen ein. In einigen Bereichen, etwa bei der Strafe bei Ehebruch, wurden die Frauen sogar den Männern gleichgestellt. Masako war im Prinzip für den shogun dasselbe wie der kanpaku zum tenno. Auch die nachfolgenden Hojo, die die nächsten 100 Jahre regierten, waren shikken, also Regenten für shoguns. Ab 1226 ließen sich die Hojo-Regenten von Vertretern der elf mächtigsten Familien beraten. 1232 wurde ein neuer Gesetzkodex, der Joei-Kodex, für die dem Kamakura unterstehenden Länder eingeführt. Da aber auch außerhalb dessen Machtbereich die dominierende Schicht die Krieger waren, setzte sich der Joei-Kodex gegenüber dem Taiho-Kodex durch. Der Joei-Kodex beließ das meiste beim alten, jedoch wurde die Bevölkerung in Samurai, Freie und Sklaven unterteilt. Frauen haben zu dieser Zeit eine besonders gute Stellung, da sie Eigentum erben dürfen, Vasallen werden und auch vor dem Gesetz fairer behandelt werden.
Während der Kamakura-Zeit kam es auch zu zwei Angriffen von der Mongolei ausgehend. Der Mongolenführer Khubilai-Khan hatte in Asien ein großes Reich errichtet und wollte auch Japan eingliedern. Nachdem aber der Hojo-Regent Tokimune nicht antwortete und stattdessen Befestigungsanlagen an der Küste errichten ließ, griffen die Mongolen 1274 mit 40.000 Mann an. Die Flotte zerstörte zwar zwei Inseln, wurde aber in Nordkyushu von einem Taifun aufgerieben. Ein Jahr später kam Khubilai-Khan erneut mit einer Flotte von 4400 Schiffen und 140.000 Mann. Wieder kam es in Nordkyushu zu zahlreichen Kämpfen, wobei jedoch nach sieben Wochen die Mongolen erneut wegen der zahlreichen Stürme und der starken Verteidiger aufgeben mussten.
Da die Errichtung der Verteidigungsanlagen und das Sold der Samurai viel Geld kostete und es keine eroberten Länder gab, die man den Samurai für ihren Sieg geben konnte, waren die Samurai sehr unzufrieden. Zwischen den shugo, den jito und den Samurai kam es immer öfter zu Streitereien. Die Minamoto, denen die shugo verpflichtet waren, waren politisch nicht mehr aktiv, stattdessen besetzten unbedeutende Fujiwara das Amt des shogun. So waren die Hojo stark geschwächt und wurden 1333 vom tenno Godaigo wieder in ihre Schranken verwiesen.
Während der Kamakura-Periode breiteten sich auch die Jodo-Sekten weiter aus. Während die Schüler des Begründers Honen eine strenge Einhalten der Regeln forderte und es sogar soweit ging, daß man die Gebetsformel 70.000 Mal am Tag wiederholen müsse um gute Chancen auf einen Platz im Paradies zu haben, lehrte einer seiner Schüler, Shinran, daß eine einzige Ausrufung ausreichend wäre. Vergleichbar wie Luther in Europa, lehnte Schinra die rituellen Vorschriften ab, heiratete und lehnte die Enthaltsamkeit von Fleisch, Fisch und Alkohol ab. Trotzdem führten die Anhänger der Jodo-Shin-Sekte ein Leben, das den buddhistischen Grundsätzen am ehesten entsprach. Heute ist die Jodo-Shin-Sekte die größte Japans. Quasi als Gegenteil gelten die Lehren von Nichiren. Während die Jodo-Sekten jenseitsbezogen sind, lehrt Nichiren, daß man bereits im gegenwärtigen Leben ein Buddha werden kann. Während die Toleranz der japanischen Sekten ein Wesensmerkmal der Religionen ist, verhält sich die Nichiren-Sekte anders. So forderte die Nichiren-Sekte immer wieder die Herrschenden auf, alle anderen Sekten zu verbieten. Der Patriotismus der Nichiren-Sekte führte dazu daß sich immer mehr Samurai dieser Sekte anschlossen und noch heute ist dieses nationalistische Wesen erhalten, wobei man bemerken muß, daß sich viele seiner Anhänger als militante Rechtsradikale hervortaten.
Ein anderer Zweig des Buddhismus bildete der Zen-Buddhismus. Im Zen-Buddhismus steht nicht das Eingehen ins Paradis im Vordergrund, sondern das Erreichen des erleuchteten Zustandes. Der Zen-Buddhismus war vorwiegend der Oberschicht und den Samurai vorbehalten, da man in der Praxis viele Stunden meditiert. Für die Samurai bedeutet das keinen großen Unterschied zu ihrem normalen Training, die einfachen Bauern haben dafür jedoch einfach keine Zeit. Der Zen-Buddhismus ist heute noch weit verbreitet, da er vom damaligen Hojo-Regenten Tokimune und vom bakufa unterstützt wurde.
Die Kamakura-Periode bildete den Abschluss der Bildung von buddhistischen Thesen, da bis ins 20. Jahrhundert der Buddhismus keine größere Veränderung mehr erfuhr.
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