Der fruchtbare Nilschlamm, den die alljährliche Nilflut (bis 1964) mit sich brachte und der die überschwemmten Felder dünkte, verbleibt zum größten Teil im Nassersee. Dies führt zur Verschlammung und Veralgung und zerstört das biologische Gleichgewicht des Sees. Vor allem Wasserhyazinthen dominieren in der Unterwasserwelt. Diese Pflanzenart überwuchert andere Pflanzen, die den Fischen als Nahrung dienen und bewirkt so, daß der Fischbestand immer mehr zurückgeht. Zudem bildet die Wasserhyazinthe ideale Lebensbedingungen für die Erreger der gefürchteten Krankheiten Malaria und Bilharziose. Die Felder müssen nun durch Kanäle bewässert und künstlich gedüngt werden.
Dabei kommt es zur zunehmenden Versalzung der Böden. Durch die Nährstoffverarmung des Nilwassers ist die früher bedeutende Fischerei, vor allem im Mündungsgebiet, stark zurückgegangen. Der fehlende Nachschub an Sedimenten bewirkt im Mündungsbereich eine Landsenkung, es geht Land verloren.
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