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Das erste Mikroskop wurde wahrscheinlich vom Brillenschleifer Hans Janssen um das Jahr 1595 konstruiert und gebaut. Sein Sohn, Zacharias führte mit dem Techniker Hans Lipperkey die Werkstatt weiter, in Middelburg, Holland. Keines dieser ersten Instrumente hat die Zeiten überdauert, aber ein Exemplar, das dem Erzherzog Albert von Österreich geschenkt wurde, ist vom holländischen Erfinder und Diplomaten, Cornelius Drebbel untersucht und beschrieben worden. Es bestand aus drei gegeneinander verschiebbaren Röhren mit einer Gesamtauszugslänge von fast 45 cm. Es vergrösserte 3 bis 9 fach je nach Auszugslänge.
1610 benutzte Galileo Galilei sein Fernrohr als Mikroskop, indem er die Rohre länger auseinanderzog. Er verwendete als Okular eine Zerstreuungslinse, als Objektiv eine Sammellinse.1619 wurde das erste Mikroskop mit zwei Sammellinsen von Cornelius Drebbel (1572-1633) gebaut. Allerdings munkelte man, Drebbel habe nur vorgegeben, der Erfinder zu sein, vielmehr gebühre die Ehre Johannes Kepler (1571-1610). Das Modell bot ein grösseres Gesichtsfeld, zeigte aber das Objekt seitenverkehrt.
Galilei besass eines dieser Mikroskope und baute es nach. Ein Exemplar verehrte er dem Fürsten Federico Cesi (1585-1630), der 1603 die Academia da Lincei (Akademie der Lüchse) gegründet hatte.
Die Academia, die dem Fernrohr den Namen Telescopium gegeben hatte, benannte nun wahrscheinlich auch Galilei´s Instrument : Microscopium. Im Jahre 1625 fertigte man die ersten mikroskopischen Zeichnungen an, das sogenannte \"Apiarium".
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